生物物理学报
生物物理學報
생물물이학보
ACTA BIOPHYSICA SINICA
2007年
5期
389-396
,共8页
金伟波%孔栋%应晓敏%郭蔼光%李伍举
金偉波%孔棟%應曉敏%郭藹光%李伍舉
금위파%공동%응효민%곽애광%리오거
拟南芥%基因组%microRNA%预测
擬南芥%基因組%microRNA%預測
의남개%기인조%microRNA%예측
MicroRNA(miRNA)是一类存在于动植物体内,长度为21～25nt的内源性小RNA,对生物体的转录后基因调控起着关键作用,但一些低丰度的miRNA和组织特异性miRNA往往很难发现.为了系统识别拟南芥基因组中新的非同源miRNA,首先基于已报道的拟南芥miRNA的特征,从全基因组范围中筛选出453条可能的miRNA前体:其次,为了进一步对上述miRNA前体进行筛选,利用人的miRNA前体数据构建了支持向量机模型GenomicSVM,该模型对人测试集的敏感性和特异性分别为86.3%和98.1%(30个人miRNA前体和1 000个阴性miRNA前体),对拟南芥测试集的正确率为93.6%(78个miRNA前体);最后,利用GenomicSVM预测上述453条miRNA前体序列,得到了37条候选的新的拟南芥miRNA前体,为进一步的miRNA实验发现研究提供了指导.
MicroRNA(miRNA)是一類存在于動植物體內,長度為21～25nt的內源性小RNA,對生物體的轉錄後基因調控起著關鍵作用,但一些低豐度的miRNA和組織特異性miRNA往往很難髮現.為瞭繫統識彆擬南芥基因組中新的非同源miRNA,首先基于已報道的擬南芥miRNA的特徵,從全基因組範圍中篩選齣453條可能的miRNA前體:其次,為瞭進一步對上述miRNA前體進行篩選,利用人的miRNA前體數據構建瞭支持嚮量機模型GenomicSVM,該模型對人測試集的敏感性和特異性分彆為86.3%和98.1%(30箇人miRNA前體和1 000箇陰性miRNA前體),對擬南芥測試集的正確率為93.6%(78箇miRNA前體);最後,利用GenomicSVM預測上述453條miRNA前體序列,得到瞭37條候選的新的擬南芥miRNA前體,為進一步的miRNA實驗髮現研究提供瞭指導.
MicroRNA(miRNA)시일류존재우동식물체내,장도위21～25nt적내원성소RNA,대생물체적전록후기인조공기착관건작용,단일사저봉도적miRNA화조직특이성miRNA왕왕흔난발현.위료계통식별의남개기인조중신적비동원miRNA,수선기우이보도적의남개miRNA적특정,종전기인조범위중사선출453조가능적miRNA전체:기차,위료진일보대상술miRNA전체진행사선,이용인적miRNA전체수거구건료지지향량궤모형GenomicSVM,해모형대인측시집적민감성화특이성분별위86.3%화98.1%(30개인miRNA전체화1 000개음성miRNA전체),대의남개측시집적정학솔위93.6%(78개miRNA전체);최후,이용GenomicSVM예측상술453조miRNA전체서렬,득도료37조후선적신적의남개miRNA전체,위진일보적miRNA실험발현연구제공료지도.
