高技术通讯
高技術通訊
고기술통신
HIGH TECHNOLOGY LETTERS
2008年
4期
422-428
,共7页
生物信息学%参数化算法%基因型%单体型%单核苷酸多态性
生物信息學%參數化算法%基因型%單體型%單覈苷痠多態性
생물신식학%삼수화산법%기인형%단체형%단핵감산다태성
根据DNA测序片段数据的特点,提出了一个时间复杂度为O(nk22k2+mlogm+mk1)的单体型组装问题MEC/GI模型的参数化算法,其中m为片段数,n为单体型的SNP位点数,k1为一个片段覆盖的最大SNP位点数(通常小于10),k2为覆盖同一SNP位点的片段的最大数(通常不大于10).对于实际DNA测序中的片段数据,即使m和n都相当大,该算法也可以在较短的时间得到MEC/GI模型的精确解,具有良好的可扩展性和较高的实用价值.
根據DNA測序片段數據的特點,提齣瞭一箇時間複雜度為O(nk22k2+mlogm+mk1)的單體型組裝問題MEC/GI模型的參數化算法,其中m為片段數,n為單體型的SNP位點數,k1為一箇片段覆蓋的最大SNP位點數(通常小于10),k2為覆蓋同一SNP位點的片段的最大數(通常不大于10).對于實際DNA測序中的片段數據,即使m和n都相噹大,該算法也可以在較短的時間得到MEC/GI模型的精確解,具有良好的可擴展性和較高的實用價值.
근거DNA측서편단수거적특점,제출료일개시간복잡도위O(nk22k2+mlogm+mk1)적단체형조장문제MEC/GI모형적삼수화산법,기중m위편단수,n위단체형적SNP위점수,k1위일개편단복개적최대SNP위점수(통상소우10),k2위복개동일SNP위점적편단적최대수(통상불대우10).대우실제DNA측서중적편단수거,즉사m화n도상당대,해산법야가이재교단적시간득도MEC/GI모형적정학해,구유량호적가확전성화교고적실용개치.
