生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2011年
3期
181-184
,共4页
任丽萍%章琳%洪贵妮%郭政
任麗萍%章琳%洪貴妮%郭政
임려평%장림%홍귀니%곽정
差异表达基因%共表达%蛋白质互作子网%功能一致性
差異錶達基因%共錶達%蛋白質互作子網%功能一緻性
차이표체기인%공표체%단백질호작자망%공능일치성
利用高通量基因表达谱数据可以识别在肿瘤与正常组织中差异表达的基因,为研究癌机理提供重要的线索.目前,在研究同种癌型的不同实验中发现的差异表达基因的交叠比例很低.这种高通量墓因表达谱数据低重复性的现象严重制约了基因芯片在癌症研究中的应用.然而,已有研究表明从研究同种癌型的不同实验数据中得到的不交叠的差异表达基因倾向于扰动相同的功能.因此,在评价差异表达基因重复性时,应考虑其在生物学功能上的一致性.本文结合基因共表达和蛋白质互作关系,设计了功能重复性指标来评价差异表达基因列表的可重复性.通过分析两套卵巢癌数据,发现对同种癌型得到的差异表达基因具有很高的功能一致性(p <0.000 1).结果表明,在功能水平上评估差异表达基因的一致性具有合理性.
利用高通量基因錶達譜數據可以識彆在腫瘤與正常組織中差異錶達的基因,為研究癌機理提供重要的線索.目前,在研究同種癌型的不同實驗中髮現的差異錶達基因的交疊比例很低.這種高通量墓因錶達譜數據低重複性的現象嚴重製約瞭基因芯片在癌癥研究中的應用.然而,已有研究錶明從研究同種癌型的不同實驗數據中得到的不交疊的差異錶達基因傾嚮于擾動相同的功能.因此,在評價差異錶達基因重複性時,應攷慮其在生物學功能上的一緻性.本文結閤基因共錶達和蛋白質互作關繫,設計瞭功能重複性指標來評價差異錶達基因列錶的可重複性.通過分析兩套卵巢癌數據,髮現對同種癌型得到的差異錶達基因具有很高的功能一緻性(p <0.000 1).結果錶明,在功能水平上評估差異錶達基因的一緻性具有閤理性.
이용고통량기인표체보수거가이식별재종류여정상조직중차이표체적기인,위연구암궤리제공중요적선색.목전,재연구동충암형적불동실험중발현적차이표체기인적교첩비례흔저.저충고통량묘인표체보수거저중복성적현상엄중제약료기인심편재암증연구중적응용.연이,이유연구표명종연구동충암형적불동실험수거중득도적불교첩적차이표체기인경향우우동상동적공능.인차,재평개차이표체기인중복성시,응고필기재생물학공능상적일치성.본문결합기인공표체화단백질호작관계,설계료공능중복성지표래평개차이표체기인렬표적가중복성.통과분석량투란소암수거,발현대동충암형득도적차이표체기인구유흔고적공능일치성(p <0.000 1).결과표명,재공능수평상평고차이표체기인적일치성구유합이성.
