棉花学报
棉花學報
면화학보
COTTON SCIENCE
2008年
4期
281-288
,共8页
刘康%高起飞%万振昆%毛婵娟%张天真
劉康%高起飛%萬振昆%毛嬋娟%張天真
류강%고기비%만진곤%모선연%장천진
棉花%胚珠%纤维%蛋白质%质谱
棉花%胚珠%纖維%蛋白質%質譜
면화%배주%섬유%단백질%질보
以陆地棉TM-1开花后6 d的胚珠为对照,比较开花后6、10、14、18、22 d纤维的蛋白质组双向电泳图谱,从中选取了编号为37的差异表达的蛋白质点.胶内胰蛋白酶酶切的多肽,用AB 4700 蛋白质组学分析仪进行MALDI-TOF/TOF分析,获得了该点内蛋白质的高品质肽质量指纹图谱(PMF),从中挑出质量为1517.9的肽离子进行串联质谱分析,获得碰撞后断裂片段离子的串联质谱(FFP).将获得的PMF分别用MASCOT、ProFound、Aldente和MS-Fit等常用软件对NCBInr和UniProt数据库中的绿色植物蛋白质数据库进行搜索,并用MASCOT搜索本地棉属EST数据库.将获得的FFP用MASCOT软件的离子搜索模式和序列查询模式搜索数据库结合手工质谱解析推断序列,最后确认该蛋白质是羟甲基转移酶.本文着重讨论了蛋白质组学研究中质谱分析和生物信息学软件的应用,评价常用蛋白质组学PMF检索工具及其检索结果.
以陸地棉TM-1開花後6 d的胚珠為對照,比較開花後6、10、14、18、22 d纖維的蛋白質組雙嚮電泳圖譜,從中選取瞭編號為37的差異錶達的蛋白質點.膠內胰蛋白酶酶切的多肽,用AB 4700 蛋白質組學分析儀進行MALDI-TOF/TOF分析,穫得瞭該點內蛋白質的高品質肽質量指紋圖譜(PMF),從中挑齣質量為1517.9的肽離子進行串聯質譜分析,穫得踫撞後斷裂片段離子的串聯質譜(FFP).將穫得的PMF分彆用MASCOT、ProFound、Aldente和MS-Fit等常用軟件對NCBInr和UniProt數據庫中的綠色植物蛋白質數據庫進行搜索,併用MASCOT搜索本地棉屬EST數據庫.將穫得的FFP用MASCOT軟件的離子搜索模式和序列查詢模式搜索數據庫結閤手工質譜解析推斷序列,最後確認該蛋白質是羥甲基轉移酶.本文著重討論瞭蛋白質組學研究中質譜分析和生物信息學軟件的應用,評價常用蛋白質組學PMF檢索工具及其檢索結果.
이륙지면TM-1개화후6 d적배주위대조,비교개화후6、10、14、18、22 d섬유적단백질조쌍향전영도보,종중선취료편호위37적차이표체적단백질점.효내이단백매매절적다태,용AB 4700 단백질조학분석의진행MALDI-TOF/TOF분석,획득료해점내단백질적고품질태질량지문도보(PMF),종중도출질량위1517.9적태리자진행천련질보분석,획득팽당후단렬편단리자적천련질보(FFP).장획득적PMF분별용MASCOT、ProFound、Aldente화MS-Fit등상용연건대NCBInr화UniProt수거고중적록색식물단백질수거고진행수색,병용MASCOT수색본지면속EST수거고.장획득적FFP용MASCOT연건적리자수색모식화서렬사순모식수색수거고결합수공질보해석추단서렬,최후학인해단백질시간갑기전이매.본문착중토론료단백질조학연구중질보분석화생물신식학연건적응용,평개상용단백질조학PMF검색공구급기검색결과.
