化学学报
化學學報
화학학보
ACTA CHIMICA SINICA
1998年
8期
799-806
,共8页
阎江丽%王黎明%张晓东%张友杰%毛希安%沈联芳
閻江麗%王黎明%張曉東%張友傑%毛希安%瀋聯芳
염강려%왕려명%장효동%장우걸%모희안%침련방
d(GGTATACC)2,距离约束分子动力学,NOE约束,立体结构,核磁共振
d(GGTATACC)2,距離約束分子動力學,NOE約束,立體結構,覈磁共振
d(GGTATACC)2,거리약속분자동역학,NOE약속,입체결구,핵자공진
8聚核苷酸d(GGTATACC)2溶液中的三维结构通过简单的高温和低温动力学计算以及能量优化的方法获得.计算中以标准B型双螺旋DNA为初始结构,加上螺旋间的20个氢键约束和由核磁共振NOESY谱获得的186个NOE约束,另外还加入二面角约束32个.计算所得的6个低能(-302±5kJ/mol)优势构象的均方根偏差(rmsd值)均小于0.06 nm,平均均方根偏差为0.043inm,从优化结构反算所得的NOE谱与实验数据相吻合.计算结果表明,所加各约束项合理,优化结构具有较高的可信度.
8聚覈苷痠d(GGTATACC)2溶液中的三維結構通過簡單的高溫和低溫動力學計算以及能量優化的方法穫得.計算中以標準B型雙螺鏇DNA為初始結構,加上螺鏇間的20箇氫鍵約束和由覈磁共振NOESY譜穫得的186箇NOE約束,另外還加入二麵角約束32箇.計算所得的6箇低能(-302±5kJ/mol)優勢構象的均方根偏差(rmsd值)均小于0.06 nm,平均均方根偏差為0.043inm,從優化結構反算所得的NOE譜與實驗數據相吻閤.計算結果錶明,所加各約束項閤理,優化結構具有較高的可信度.
8취핵감산d(GGTATACC)2용액중적삼유결구통과간단적고온화저온동역학계산이급능량우화적방법획득.계산중이표준B형쌍라선DNA위초시결구,가상라선간적20개경건약속화유핵자공진NOESY보획득적186개NOE약속,령외환가입이면각약속32개.계산소득적6개저능(-302±5kJ/mol)우세구상적균방근편차(rmsd치)균소우0.06 nm,평균균방근편차위0.043inm,종우화결구반산소득적NOE보여실험수거상문합.계산결과표명,소가각약속항합리,우화결구구유교고적가신도.
