生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2012年
3期
199-207
,共9页
方静平%苏亚春%游倩%阙友雄%许莉萍%陈如凯
方靜平%囌亞春%遊倩%闕友雄%許莉萍%陳如凱
방정평%소아춘%유천%궐우웅%허리평%진여개
甘蔗%β-1,3-葡聚糖酶%电子克隆%生物信息学
甘蔗%β-1,3-葡聚糖酶%電子剋隆%生物信息學
감자%β-1,3-포취당매%전자극륭%생물신식학
以高粱β-1,3 -葡聚糖酶基因(β-1,3- glucanase gene)cDNA序列为探针,搜索甘蔗EST数据库,而后通过电子克隆技术,拼接获得甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因ScBG.采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、卷曲螺旋、亚细胞定位、信号肽、功能域及高级结构等方面进行了预测和分析.结果表明:ScBG基因全长1 270 bp,包含一个长达1 011 bp的完整开放读码框(open reading frame,ORF),编码336个氨基酸,分子量为34.8 KD,理论等电点为4.98.该蛋白质很可能是胞外定位的诱导物释放型酸性葡聚糖酶,是一种稳定的分泌蛋白,且可信度达最高等级1.该蛋白属于糖苷水解酶第17家族,含有N端信号肽,在第7 ～ 29位氨基酸处含有跨膜信号区,在第31～321位氨基酸处含有糖苷水解酶17家族结构域,含2个主要的功能结构域.10个物种ScBG蛋白氨基酸序列的同源性分析表明,甘蔗ScBG基因编码蛋白与高粱β-1,3-葡聚糖酶基因的编码蛋白的同源性最高,达79.82％.以上研究结果为ScBG基因下一步的分子克隆、功能鉴定和应用提供基础.
以高粱β-1,3 -葡聚糖酶基因(β-1,3- glucanase gene)cDNA序列為探針,搜索甘蔗EST數據庫,而後通過電子剋隆技術,拼接穫得甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因ScBG.採用生物信息學方法,對該基因編碼蛋白從氨基痠組成、理化性質、跨膜結構域、捲麯螺鏇、亞細胞定位、信號肽、功能域及高級結構等方麵進行瞭預測和分析.結果錶明:ScBG基因全長1 270 bp,包含一箇長達1 011 bp的完整開放讀碼框(open reading frame,ORF),編碼336箇氨基痠,分子量為34.8 KD,理論等電點為4.98.該蛋白質很可能是胞外定位的誘導物釋放型痠性葡聚糖酶,是一種穩定的分泌蛋白,且可信度達最高等級1.該蛋白屬于糖苷水解酶第17傢族,含有N耑信號肽,在第7 ～ 29位氨基痠處含有跨膜信號區,在第31～321位氨基痠處含有糖苷水解酶17傢族結構域,含2箇主要的功能結構域.10箇物種ScBG蛋白氨基痠序列的同源性分析錶明,甘蔗ScBG基因編碼蛋白與高粱β-1,3-葡聚糖酶基因的編碼蛋白的同源性最高,達79.82％.以上研究結果為ScBG基因下一步的分子剋隆、功能鑒定和應用提供基礎.
이고량β-1,3 -포취당매기인(β-1,3- glucanase gene)cDNA서렬위탐침,수색감자EST수거고,이후통과전자극륭기술,병접획득감자β-1,3-포취당매기인ScBG.채용생물신식학방법,대해기인편마단백종안기산조성、이화성질、과막결구역、권곡라선、아세포정위、신호태、공능역급고급결구등방면진행료예측화분석.결과표명:ScBG기인전장1 270 bp,포함일개장체1 011 bp적완정개방독마광(open reading frame,ORF),편마336개안기산,분자량위34.8 KD,이론등전점위4.98.해단백질흔가능시포외정위적유도물석방형산성포취당매,시일충은정적분비단백,차가신도체최고등급1.해단백속우당감수해매제17가족,함유N단신호태,재제7 ～ 29위안기산처함유과막신호구,재제31～321위안기산처함유당감수해매17가족결구역,함2개주요적공능결구역.10개물충ScBG단백안기산서렬적동원성분석표명,감자ScBG기인편마단백여고량β-1,3-포취당매기인적편마단백적동원성최고,체79.82％.이상연구결과위ScBG기인하일보적분자극륭、공능감정화응용제공기출.
