应用与环境生物学报
應用與環境生物學報
응용여배경생물학보
CHINESE JOURNAL OF APPLIED & ENVIRONMENTAL BIOLOGY
2009年
1期
100-105
,共6页
赵祖国%孔庆鑫%王景峰%金敏%王新为%李君文
趙祖國%孔慶鑫%王景峰%金敏%王新為%李君文
조조국%공경흠%왕경봉%금민%왕신위%리군문
不动杆菌%生物信息学%生物脱氮%氨氮%PCR%羟胺氧化酶%基因序列%开放读码框
不動桿菌%生物信息學%生物脫氮%氨氮%PCR%羥胺氧化酶%基因序列%開放讀碼框
불동간균%생물신식학%생물탈담%안담%PCR%간알양화매%기인서렬%개방독마광
采用PCR法获得不动杆菌Acinetobactor sp.YY-5的一种羟胺氧化酶(Hydroxylamine oxidoreductase,HAO)编码基因序列并进行生物信息学分析.根据自养菌的HAO基因序列保守区设计4对引物,通过RT-PCR获得预期大小的部分序列,再采用Genome walking PCR法向所得的部分序列两侧延伸;对所得序列在NCBI中进行blast分析,并用FGeneSB进行开放滨码框(Open read frame,ORF)预测.结果表明,RT-PCR获得了一段462 bp的序列,通过Genome walking PCR向两侧延伸后,获得了一段3 152 bp长的序列;ORF预测结果显示所得序列可能有4个ORF,RT-PCR获得的462 bp序列所在ORF长555 bp,对应氨基酸序列相对分子质量(M)大小为20.2×103;在Genebank中进行的Blast比对分析显示,除保守区的引物序列外,未发现有与此ORF存在明显相似性的HAO基因,表明这可能是一种新型羟胺氧化酶基因.图5表3参14
採用PCR法穫得不動桿菌Acinetobactor sp.YY-5的一種羥胺氧化酶(Hydroxylamine oxidoreductase,HAO)編碼基因序列併進行生物信息學分析.根據自養菌的HAO基因序列保守區設計4對引物,通過RT-PCR穫得預期大小的部分序列,再採用Genome walking PCR法嚮所得的部分序列兩側延伸;對所得序列在NCBI中進行blast分析,併用FGeneSB進行開放濱碼框(Open read frame,ORF)預測.結果錶明,RT-PCR穫得瞭一段462 bp的序列,通過Genome walking PCR嚮兩側延伸後,穫得瞭一段3 152 bp長的序列;ORF預測結果顯示所得序列可能有4箇ORF,RT-PCR穫得的462 bp序列所在ORF長555 bp,對應氨基痠序列相對分子質量(M)大小為20.2×103;在Genebank中進行的Blast比對分析顯示,除保守區的引物序列外,未髮現有與此ORF存在明顯相似性的HAO基因,錶明這可能是一種新型羥胺氧化酶基因.圖5錶3參14
채용PCR법획득불동간균Acinetobactor sp.YY-5적일충간알양화매(Hydroxylamine oxidoreductase,HAO)편마기인서렬병진행생물신식학분석.근거자양균적HAO기인서렬보수구설계4대인물,통과RT-PCR획득예기대소적부분서렬,재채용Genome walking PCR법향소득적부분서렬량측연신;대소득서렬재NCBI중진행blast분석,병용FGeneSB진행개방빈마광(Open read frame,ORF)예측.결과표명,RT-PCR획득료일단462 bp적서렬,통과Genome walking PCR향량측연신후,획득료일단3 152 bp장적서렬;ORF예측결과현시소득서렬가능유4개ORF,RT-PCR획득적462 bp서렬소재ORF장555 bp,대응안기산서렬상대분자질량(M)대소위20.2×103;재Genebank중진행적Blast비대분석현시,제보수구적인물서렬외,미발현유여차ORF존재명현상사성적HAO기인,표명저가능시일충신형간알양화매기인.도5표3삼14
