肠道病毒71型六安地区分离株VP1基因的生物信息学分析及B细胞表位预测
장도병독71형륙안지구분리주VP1기인적생물신식학분석급B세포표위예측
Bioinformatics analysis and B-cell epitope prediction of VP1 gene of enterovirus 71 isolated in Lu′an city
  • 万方数据
    安徽医科大学学报 안휘의과대학학보
    ACTA UNIVERSITY MEDICINALIS ANHUI
    2012年 3期 233-240 ,共8页

    俞海洋%陈伟%倪德群%常宏伟%王林定%汤仁树%陈灵芝%丁晓娟%陈敬贤%王明丽

    유해양%진위%예덕군%상굉위%왕림정%탕인수%진령지%정효연%진경현%왕명려

    肠道病毒71型%VP1%B细胞表位%二级结构%三级结构 腸道病毒71型%VP1%B細胞錶位%二級結構%三級結構
    장도병독71형%VP1%B세포표위%이급결구%삼급결구
    目的 对肠道病毒71型(EV71)VP1基因编码衣壳蛋白进行系统结构与功能预测,为制备EV71疫苗和诊断抗原的研究提供理论基础.方法 基于编号为1404-Luan(CHN)-08的EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白的氨基酸序列,应用ProtParam、SigalP、TMPRED、Sosui、SOPMA、Phyre、Bepipred等生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性、二级结构、三级结构等性质和潜在的B细胞表位.结果 EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白没有信号肽,无跨膜区,是一个亲水性蛋白;VP1蛋白二级结构以无规则卷曲和β-片层为主,含有少量的α-螺旋,少见β-转角; VP1的三级结构中4～121氨基酸部分在蛋白表面形成一环状结构(VPl GH loop);EV71 VP1潜在的B细胞表位共有6个可能的抗原表位.其中,预测分值最高的线性表位区域位于157～177位氨基酸残基.结论 成功预测了EV71六安地区分离株VP1二级结构、三级结构和B细胞表位,为制备EV71基因工程疫苗和诊断抗原的开发提供了理论基础.
    목적 대장도병독71형(EV71)VP1기인편마의각단백진행계통결구여공능예측,위제비EV71역묘화진단항원적연구제공이론기출.방법 기우편호위1404-Luan(CHN)-08적EV71륙안지구분리주VP1기인편마단백적안기산서렬,응용ProtParam、SigalP、TMPRED、Sosui、SOPMA、Phyre、Bepipred등생물신식학방법예측기신호태、과막구、소수성、이급결구、삼급결구등성질화잠재적B세포표위.결과 EV71륙안지구분리주VP1기인편마단백몰유신호태,무과막구,시일개친수성단백;VP1단백이급결구이무규칙권곡화β-편층위주,함유소량적α-라선,소견β-전각; VP1적삼급결구중4～121안기산부분재단백표면형성일배상결구(VPl GH loop);EV71 VP1잠재적B세포표위공유6개가능적항원표위.기중,예측분치최고적선성표위구역위우157～177위안기산잔기.결론 성공예측료EV71륙안지구분리주VP1이급결구、삼급결구화B세포표위,위제비EV71기인공정역묘화진단항원적개발제공료이론기출.
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