燕山大学学报
燕山大學學報
연산대학학보
JOURNAL OF YANSHAN UNIVERSITY
2012年
4期
334-338
,共5页
刘文远%刘丽云%王常武%王宝文
劉文遠%劉麗雲%王常武%王寶文
류문원%류려운%왕상무%왕보문
miRNA%二阶马尔科夫模型%寡聚体%可趋近性%过表达水平
miRNA%二階馬爾科伕模型%寡聚體%可趨近性%過錶達水平
miRNA%이계마이과부모형%과취체%가추근성%과표체수평
miRNA是一类重要的基因表达调节因子.准确预测miRNA的靶基因对研究miRNA的功能和作用机制至关重要.文中提出一种考虑靶位点可趋近性(accessibility)的miRNA靶基因预测算法.算法首先选择满足种子互补条件的“部分可趋近性”位点；然后用二阶马尔科夫模型计算与miRNA种子区互补的特定核苷酸片段(寡聚体)在3′UTR任意位置上出现的概率并统计“部分可趋近位点”上寡聚体出现的次数；采用过表达水平值评估一个或多个互补位点上至少出现一次寡聚体的概率；最后根据过表达水平值排序miRNA-3UTR对,并取排序的前N个miRNA-3′UTR对作为预测结果.在果蝇和人类数据集上测试的实验结果表明此算法具有较高的灵敏性和精确性.
miRNA是一類重要的基因錶達調節因子.準確預測miRNA的靶基因對研究miRNA的功能和作用機製至關重要.文中提齣一種攷慮靶位點可趨近性(accessibility)的miRNA靶基因預測算法.算法首先選擇滿足種子互補條件的“部分可趨近性”位點；然後用二階馬爾科伕模型計算與miRNA種子區互補的特定覈苷痠片段(寡聚體)在3′UTR任意位置上齣現的概率併統計“部分可趨近位點”上寡聚體齣現的次數；採用過錶達水平值評估一箇或多箇互補位點上至少齣現一次寡聚體的概率；最後根據過錶達水平值排序miRNA-3UTR對,併取排序的前N箇miRNA-3′UTR對作為預測結果.在果蠅和人類數據集上測試的實驗結果錶明此算法具有較高的靈敏性和精確性.
miRNA시일류중요적기인표체조절인자.준학예측miRNA적파기인대연구miRNA적공능화작용궤제지관중요.문중제출일충고필파위점가추근성(accessibility)적miRNA파기인예측산법.산법수선선택만족충자호보조건적“부분가추근성”위점；연후용이계마이과부모형계산여miRNA충자구호보적특정핵감산편단(과취체)재3′UTR임의위치상출현적개솔병통계“부분가추근위점”상과취체출현적차수；채용과표체수평치평고일개혹다개호보위점상지소출현일차과취체적개솔；최후근거과표체수평치배서miRNA-3UTR대,병취배서적전N개miRNA-3′UTR대작위예측결과.재과승화인류수거집상측시적실험결과표명차산법구유교고적령민성화정학성.
