四川农业大学学报
四川農業大學學報
사천농업대학학보
JOURNAL OF SICHUAN AGRICULTURAL UNIVERSITY
2012年
2期
150-155
,共6页
连玲丽%洪旭鸿%郑璐平%黄碧芳%谢荔岩%林奇英
連玲麗%洪旭鴻%鄭璐平%黃碧芳%謝荔巖%林奇英
련령려%홍욱홍%정로평%황벽방%사려암%림기영
丁香假单胞菌%简单重复序列%基因组
丁香假單胞菌%簡單重複序列%基因組
정향가단포균%간단중복서렬%기인조
[目的]分析丁香假单胞菌3个致病变种基因组内简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),为病菌SSR标记开发和遗传多样性研究提供有用信息.[方法]基于公共的基因组数据库资源,对3个菌株的完全重复SSR和不完全重复SSR的丰度和组成类型等进行分析.[结果]3个菌株完全重复SSR的分布规律较为相似,其中单碱基的短重复SSR均占绝对优势,多碱基和长重复SSR则较少；菌株B728a、1448A和DC3000的不完全重复SSR总数也较相近,分别为562、529和567,其中数量最多的均为六碱基重复.但3个菌株以四、五和六碱基为基序的SSR在基序组成和数量上则表现出较高的变异性,完全重复SSR中,除AGCC、ACCTGC等基序在两个菌株中同时出现,绝大多数基序仅在单个菌株基因组内出现；不完全重复SSR中,部分基序如CCCTG、ACGCA等的出现频率在不同菌株间存在明显差异.[结论]3个菌株的不完全重复SSR在数量和结构类型上均具有较大的相似性,而菌株间的完全重复SSR在数量和组成上则存在一定差异.
[目的]分析丁香假單胞菌3箇緻病變種基因組內簡單重複序列(simple sequence repeats,SSR),為病菌SSR標記開髮和遺傳多樣性研究提供有用信息.[方法]基于公共的基因組數據庫資源,對3箇菌株的完全重複SSR和不完全重複SSR的豐度和組成類型等進行分析.[結果]3箇菌株完全重複SSR的分佈規律較為相似,其中單堿基的短重複SSR均佔絕對優勢,多堿基和長重複SSR則較少；菌株B728a、1448A和DC3000的不完全重複SSR總數也較相近,分彆為562、529和567,其中數量最多的均為六堿基重複.但3箇菌株以四、五和六堿基為基序的SSR在基序組成和數量上則錶現齣較高的變異性,完全重複SSR中,除AGCC、ACCTGC等基序在兩箇菌株中同時齣現,絕大多數基序僅在單箇菌株基因組內齣現；不完全重複SSR中,部分基序如CCCTG、ACGCA等的齣現頻率在不同菌株間存在明顯差異.[結論]3箇菌株的不完全重複SSR在數量和結構類型上均具有較大的相似性,而菌株間的完全重複SSR在數量和組成上則存在一定差異.
[목적]분석정향가단포균3개치병변충기인조내간단중복서렬(simple sequence repeats,SSR),위병균SSR표기개발화유전다양성연구제공유용신식.[방법]기우공공적기인조수거고자원,대3개균주적완전중복SSR화불완전중복SSR적봉도화조성류형등진행분석.[결과]3개균주완전중복SSR적분포규률교위상사,기중단감기적단중복SSR균점절대우세,다감기화장중복SSR칙교소；균주B728a、1448A화DC3000적불완전중복SSR총수야교상근,분별위562、529화567,기중수량최다적균위륙감기중복.단3개균주이사、오화륙감기위기서적SSR재기서조성화수량상칙표현출교고적변이성,완전중복SSR중,제AGCC、ACCTGC등기서재량개균주중동시출현,절대다수기서부재단개균주기인조내출현；불완전중복SSR중,부분기서여CCCTG、ACGCA등적출현빈솔재불동균주간존재명현차이.[결론]3개균주적불완전중복SSR재수량화결구류형상균구유교대적상사성,이균주간적완전중복SSR재수량화조성상칙존재일정차이.
