现代生物医学进展
現代生物醫學進展
현대생물의학진전
PROGRESS IN MODERN BIOMEDICINE
2006年
9期
1-4,11
,共5页
张健%黎明民%梁世德%郭华荣
張健%黎明民%樑世德%郭華榮
장건%려명민%량세덕%곽화영
侧链能量%蛋白对接%打分函数
側鏈能量%蛋白對接%打分函數
측련능량%단백대접%타분함수
一般的蛋白质对接程序能够提供大量的待选构象,但其中仅含有少量的正确构象.现在对接的主要工作在于如何从这些大量构象中挑出正确构象.我们先前的研究工作证明蛋白质界面比非界面表面具有更高的能量.在这里,我们使用由Chen等人提出的一个用于检验、设计对接程序的蛋白质复合物标准库中的非抗原-抗体复合物,将侧链能量运用到对接中,并比较了侧链能量和残基配对倾向性、残基组成倾向性、残基保守性在对接中的表现.单独使用这四项的正确构象的平均百排分位排序分别为:38.6±19.6、26.3±20.8、22.7±16.6和37.8±26.1,但是对于个别蛋白,侧链能量的表现要优于其它的三个参数.我们将四个参数综合起来考虑,发展了一个新的打分函数,平均百排分位排序为22.2±7.8,并且提高了筛选效率.
一般的蛋白質對接程序能夠提供大量的待選構象,但其中僅含有少量的正確構象.現在對接的主要工作在于如何從這些大量構象中挑齣正確構象.我們先前的研究工作證明蛋白質界麵比非界麵錶麵具有更高的能量.在這裏,我們使用由Chen等人提齣的一箇用于檢驗、設計對接程序的蛋白質複閤物標準庫中的非抗原-抗體複閤物,將側鏈能量運用到對接中,併比較瞭側鏈能量和殘基配對傾嚮性、殘基組成傾嚮性、殘基保守性在對接中的錶現.單獨使用這四項的正確構象的平均百排分位排序分彆為:38.6±19.6、26.3±20.8、22.7±16.6和37.8±26.1,但是對于箇彆蛋白,側鏈能量的錶現要優于其它的三箇參數.我們將四箇參數綜閤起來攷慮,髮展瞭一箇新的打分函數,平均百排分位排序為22.2±7.8,併且提高瞭篩選效率.
일반적단백질대접정서능구제공대량적대선구상,단기중부함유소량적정학구상.현재대접적주요공작재우여하종저사대량구상중도출정학구상.아문선전적연구공작증명단백질계면비비계면표면구유경고적능량.재저리,아문사용유Chen등인제출적일개용우검험、설계대접정서적단백질복합물표준고중적비항원-항체복합물,장측련능량운용도대접중,병비교료측련능량화잔기배대경향성、잔기조성경향성、잔기보수성재대접중적표현.단독사용저사항적정학구상적평균백배분위배서분별위:38.6±19.6、26.3±20.8、22.7±16.6화37.8±26.1,단시대우개별단백,측련능량적표현요우우기타적삼개삼수.아문장사개삼수종합기래고필,발전료일개신적타분함수,평균백배분위배서위22.2±7.8,병차제고료사선효솔.
