中国农学通报
中國農學通報
중국농학통보
CHINESE AGRICULTURAL SCIENCE BULLETIN
2008年
2期
433-436
,共4页
木薯%EST%SSR 信息
木藷%EST%SSR 信息
목서%EST%SSR 신식
为了进一步利用现有木薯 EST-SSR 资源.笔者从 NCBI 公共数据库下栽了 38411 条木薯 EST,去除低质量的和冗余的的序列后,得到全长为 4.16×103kb 的无冗余序列5401条.在无冗余序列中发现含有 SSR 的 EST 序列595条.共691个SSR,平均相隔 6.02 kb 出现一个 SSR.这些 SSR 的出现频率和平均长度分别是 11.02%和 18.89 bp.在 1～6 bp的重复基元中,二核苷酸重复基元出现频率最高(36.03%),其次是三核苷酸重复基元(31.84%)、单核苷酸重复基元(30.10%).出现较多的重复基元是 A/T(29.23%),其次是 AG/CT(24.75%).结果说明,木薯的 EST-SSR 出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值.
為瞭進一步利用現有木藷 EST-SSR 資源.筆者從 NCBI 公共數據庫下栽瞭 38411 條木藷 EST,去除低質量的和冗餘的的序列後,得到全長為 4.16×103kb 的無冗餘序列5401條.在無冗餘序列中髮現含有 SSR 的 EST 序列595條.共691箇SSR,平均相隔 6.02 kb 齣現一箇 SSR.這些 SSR 的齣現頻率和平均長度分彆是 11.02%和 18.89 bp.在 1～6 bp的重複基元中,二覈苷痠重複基元齣現頻率最高(36.03%),其次是三覈苷痠重複基元(31.84%)、單覈苷痠重複基元(30.10%).齣現較多的重複基元是 A/T(29.23%),其次是 AG/CT(24.75%).結果說明,木藷的 EST-SSR 齣現頻率較高、類型較豐富、多態性潛能較高,具有較高的利用價值.
위료진일보이용현유목서 EST-SSR 자원.필자종 NCBI 공공수거고하재료 38411 조목서 EST,거제저질량적화용여적적서렬후,득도전장위 4.16×103kb 적무용여서렬5401조.재무용여서렬중발현함유 SSR 적 EST 서렬595조.공691개SSR,평균상격 6.02 kb 출현일개 SSR.저사 SSR 적출현빈솔화평균장도분별시 11.02%화 18.89 bp.재 1～6 bp적중복기원중,이핵감산중복기원출현빈솔최고(36.03%),기차시삼핵감산중복기원(31.84%)、단핵감산중복기원(30.10%).출현교다적중복기원시 A/T(29.23%),기차시 AG/CT(24.75%).결과설명,목서적 EST-SSR 출현빈솔교고、류형교봉부、다태성잠능교고,구유교고적이용개치.
