生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2009年
1期
9-12
,共4页
聂奎%罗洪林%程显顺%苟清碧
聶奎%囉洪林%程顯順%茍清碧
섭규%라홍림%정현순%구청벽
柔嫩艾美尔球虫%表达序列标签%简单重复序列或微卫星
柔嫩艾美爾毬蟲%錶達序列標籤%簡單重複序列或微衛星
유눈애미이구충%표체서렬표첨%간단중복서렬혹미위성
对柔嫩艾美尔球虫EST-SSR进行生物信息学分析,共获取Eimeria tenella EST序列34 074条,总长度为16.45Mb,小于12bp SSR的ESTs达7 651条,从中获得SSR序列19 576条、总长度为0.35Mb,EST-SSRs的频率是48.00%,平均相隔840bp出现一个长度不小于12bp的SSR.在E.tenella 的核苷酸重复基元中,2、3、4、5、6和7 bp重复序列在基因组中出现的种类分别有11种472条、49种14 710条、31种525条、13种25条、21种43条和15种400条,3碱基重复序列是最丰富的重复单元,占总数的75.14%.各种SSRs中富含G、C碱基的重复单元以GCA出现频率最多(28.63%),次为AGC(17.59%),GCT(8.76%),TGC(7.62%),CTG(7.15%).
對柔嫩艾美爾毬蟲EST-SSR進行生物信息學分析,共穫取Eimeria tenella EST序列34 074條,總長度為16.45Mb,小于12bp SSR的ESTs達7 651條,從中穫得SSR序列19 576條、總長度為0.35Mb,EST-SSRs的頻率是48.00%,平均相隔840bp齣現一箇長度不小于12bp的SSR.在E.tenella 的覈苷痠重複基元中,2、3、4、5、6和7 bp重複序列在基因組中齣現的種類分彆有11種472條、49種14 710條、31種525條、13種25條、21種43條和15種400條,3堿基重複序列是最豐富的重複單元,佔總數的75.14%.各種SSRs中富含G、C堿基的重複單元以GCA齣現頻率最多(28.63%),次為AGC(17.59%),GCT(8.76%),TGC(7.62%),CTG(7.15%).
대유눈애미이구충EST-SSR진행생물신식학분석,공획취Eimeria tenella EST서렬34 074조,총장도위16.45Mb,소우12bp SSR적ESTs체7 651조,종중획득SSR서렬19 576조、총장도위0.35Mb,EST-SSRs적빈솔시48.00%,평균상격840bp출현일개장도불소우12bp적SSR.재E.tenella 적핵감산중복기원중,2、3、4、5、6화7 bp중복서렬재기인조중출현적충류분별유11충472조、49충14 710조、31충525조、13충25조、21충43조화15충400조,3감기중복서렬시최봉부적중복단원,점총수적75.14%.각충SSRs중부함G、C감기적중복단원이GCA출현빈솔최다(28.63%),차위AGC(17.59%),GCT(8.76%),TGC(7.62%),CTG(7.15%).
