中华检验医学杂志
中華檢驗醫學雜誌
중화검험의학잡지
CHINESE JOURNAL OF LABORATORY MEDICINE
2012年
7期
612-619
,共8页
陈茶%屈平华%顾全%黄彬%张伟铮%穆小萍%张磊%陈默蕊%王露霞%鄂顺梅%叶金艳%唐小龙%蓝锴%罗强%戴小波%袁慧
陳茶%屈平華%顧全%黃彬%張偉錚%穆小萍%張磊%陳默蕊%王露霞%鄂順梅%葉金豔%唐小龍%藍鍇%囉彊%戴小波%袁慧
진다%굴평화%고전%황빈%장위쟁%목소평%장뢰%진묵예%왕로하%악순매%협금염%당소룡%람개%라강%대소파%원혜
RNA,核糖体,16S%聚合酶链反应%序列分析%细菌学技术
RNA,覈糖體,16S%聚閤酶鏈反應%序列分析%細菌學技術
RNA,핵당체,16S%취합매련반응%서렬분석%세균학기술
RNA,ribosomal,16S%Polymerase chain reaction%Sequence analysis%Bacteriological techniques
目的 探讨细菌16S rRNA基因的广谱PCR扩增与测序分析在临床分离的少见病原菌的鉴定及分类中的价值.方法 收集2010年12月至2011年9月来自7家不同医院和机构,常规方法难以鉴定或具有特殊表型的少见菌48株,以及仪器法连续监测报警阳性、但二次传代无细菌生长的液体增菌培养瓶7个,采用细菌16S核糖体核糖核酸(rRNA)基因MicroSeq 500试剂盒、通用引物27f-1492r、27f-1525r进行广谱PCR扩增及目的片段的基因测序.运用美国国立生物信息中心“基于局部比对算法的搜索工具( Blast)”,结合“具有法定分类学地位的原核生物名称目录(http://www.bacterio.cict.fr/)”提供的分类学信息,比较待鉴定细菌与近缘种模式菌株基因序列的相似程度；参考美国临床与实验室标准化协会(CLSI) MM18-A的解释标准,以确定待鉴定细菌的种属及分类学位置.结果 采用广谱PCR测定,7份假阳性血培养瓶中,2份扩增到细菌的16S rRNA基因,经序列分析鉴定均为肺炎链球菌.48株不同来源、不同种属的少见菌,均扩增到16S rRNA基因目的片段并成功测序,参考CLSI MM18-A的解释标准,35株(72.9％)直接鉴定到“种”,11株(22.9％)鉴定到“属”,另2株鉴定为可能的新属新种.进一步结合细菌的生化反应特征及其他管家基因序列分析结果,则可鉴定到“种”的细菌可增加到42株(87.5％),其中包括链杆菌、嗜二氧化碳噬纤维菌、玫瑰单胞菌、奴卡菌、弯曲菌、分枝杆菌等具有明确临床意义的少见菌,以及多株近十年内命名的新细菌,如小不动杆菌、富西哑分枝杆菌、黏液玫瑰单胞菌、Halomonas johnsoniae等.此外,还发现了1个新亚型的胎儿弯曲菌.结论 16S rRNA基因测序鉴定能明确提供细菌的遗传学信息,且无种属选择性,对临床少见菌、苛养菌、以及固体培养基不生长的纯培养物等具有独特的优势,是病原微生物鉴定的发展方向.
目的 探討細菌16S rRNA基因的廣譜PCR擴增與測序分析在臨床分離的少見病原菌的鑒定及分類中的價值.方法 收集2010年12月至2011年9月來自7傢不同醫院和機構,常規方法難以鑒定或具有特殊錶型的少見菌48株,以及儀器法連續鑑測報警暘性、但二次傳代無細菌生長的液體增菌培養瓶7箇,採用細菌16S覈糖體覈糖覈痠(rRNA)基因MicroSeq 500試劑盒、通用引物27f-1492r、27f-1525r進行廣譜PCR擴增及目的片段的基因測序.運用美國國立生物信息中心“基于跼部比對算法的搜索工具( Blast)”,結閤“具有法定分類學地位的原覈生物名稱目錄(http://www.bacterio.cict.fr/)”提供的分類學信息,比較待鑒定細菌與近緣種模式菌株基因序列的相似程度；參攷美國臨床與實驗室標準化協會(CLSI) MM18-A的解釋標準,以確定待鑒定細菌的種屬及分類學位置.結果 採用廣譜PCR測定,7份假暘性血培養瓶中,2份擴增到細菌的16S rRNA基因,經序列分析鑒定均為肺炎鏈毬菌.48株不同來源、不同種屬的少見菌,均擴增到16S rRNA基因目的片段併成功測序,參攷CLSI MM18-A的解釋標準,35株(72.9％)直接鑒定到“種”,11株(22.9％)鑒定到“屬”,另2株鑒定為可能的新屬新種.進一步結閤細菌的生化反應特徵及其他管傢基因序列分析結果,則可鑒定到“種”的細菌可增加到42株(87.5％),其中包括鏈桿菌、嗜二氧化碳噬纖維菌、玫瑰單胞菌、奴卡菌、彎麯菌、分枝桿菌等具有明確臨床意義的少見菌,以及多株近十年內命名的新細菌,如小不動桿菌、富西啞分枝桿菌、黏液玫瑰單胞菌、Halomonas johnsoniae等.此外,還髮現瞭1箇新亞型的胎兒彎麯菌.結論 16S rRNA基因測序鑒定能明確提供細菌的遺傳學信息,且無種屬選擇性,對臨床少見菌、苛養菌、以及固體培養基不生長的純培養物等具有獨特的優勢,是病原微生物鑒定的髮展方嚮.
목적 탐토세균16S rRNA기인적엄보PCR확증여측서분석재림상분리적소견병원균적감정급분류중적개치.방법 수집2010년12월지2011년9월래자7가불동의원화궤구,상규방법난이감정혹구유특수표형적소견균48주,이급의기법련속감측보경양성、단이차전대무세균생장적액체증균배양병7개,채용세균16S핵당체핵당핵산(rRNA)기인MicroSeq 500시제합、통용인물27f-1492r、27f-1525r진행엄보PCR확증급목적편단적기인측서.운용미국국립생물신식중심“기우국부비대산법적수색공구( Blast)”,결합“구유법정분류학지위적원핵생물명칭목록(http://www.bacterio.cict.fr/)”제공적분류학신식,비교대감정세균여근연충모식균주기인서렬적상사정도；삼고미국림상여실험실표준화협회(CLSI) MM18-A적해석표준,이학정대감정세균적충속급분류학위치.결과 채용엄보PCR측정,7빈가양성혈배양병중,2빈확증도세균적16S rRNA기인,경서렬분석감정균위폐염련구균.48주불동래원、불동충속적소견균,균확증도16S rRNA기인목적편단병성공측서,삼고CLSI MM18-A적해석표준,35주(72.9％)직접감정도“충”,11주(22.9％)감정도“속”,령2주감정위가능적신속신충.진일보결합세균적생화반응특정급기타관가기인서렬분석결과,칙가감정도“충”적세균가증가도42주(87.5％),기중포괄련간균、기이양화탄서섬유균、매괴단포균、노잡균、만곡균、분지간균등구유명학림상의의적소견균,이급다주근십년내명명적신세균,여소불동간균、부서아분지간균、점액매괴단포균、Halomonas johnsoniae등.차외,환발현료1개신아형적태인만곡균.결론 16S rRNA기인측서감정능명학제공세균적유전학신식,차무충속선택성,대림상소견균、가양균、이급고체배양기불생장적순배양물등구유독특적우세,시병원미생물감정적발전방향.
Objectives To identify the infrequent strains in clinical isolates by broad-spectrum PCR amplification and direct sequencing targeting the bacterial 16S rRNA gene.Methods Total 48 clinical isolates and 7 false-positive blood culture samples were collected from 7 different hospitals or institutions from Decemler 2010 to September 201 1.The bacterial 16S rRNA gene were amplified and sequenced by universal prime sets of 27f-1492r and 27f-1525r,and MicroSeq 500 16S rRNA gene kit.The homology analysis was used by the Basic Local Alignment Search Tool,and comparing to gene sequence of the type strain.provided by the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature.The criteria for the bacterial identification was interpreted according to the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) M M 18-A.Results All of the 48 cultured strains were succeeded amplifying and sequencing the targeted 16S rRNA genes.According to the criteria of CLSI MM18-A,total 35 strains were specified to the species level,11 strains were specified to the genus level,and the other 2 strains were specified to possible novel genus and species.Combining the analysis the sequence of other housekeeping gene with the results of biochemical results,total 42 strains can be specified to the species level,including some clinical important pathogens,such as Streptobacillus,Capnocytophaga,Nocardia,Mycobacterium,Roseomonas and Campylobacter.Two false-positive blood culture samples were managed to amplify 16S rRNA genes and finally identified as Streptococcus pneumoniae.We also identified one novel subspecies of Campylobacter fetus,and some new valid-published species,such as Acinetobacter parvus,Mycobacterium phocaicum,Roseomonas mucosa and Halomonas johnsoniae.Conclusions The 16S rRNA gene sequence based identification has unique advantages over the phenotypic methods.It is universal to almost of all the bacteria,and can provide the genetic classified information.It is very suitable for the clinical infrequent and special bacterial cultures,such as the slow-growing,fastidious,or un-cultured bacteria.
