CAJ | 학술논문

为了在芦笋中开发EST - SSR功能性标记,对来源于NCBI公共数据库的8 590条芦笋(Asparagus officinalis L.)EST序列进行简单重复序列SSR搜索.剔除冗余序列,得到非冗余序列8 377条.在非冗余序列中共挖掘出469个EST - SSR,平均相隔14.80 kb出现1个SSR.在所有的重复基序中,二核苷酸重复基序的SSR所占比例最高40.51％ (190/469),其次是三核苷酸34.97％ (164/469),六核苷酸21.11％(99/469).在所有基序里,CT/AG出现的频率最高有62次,占全部重复基序的13.22％ (62/469).选取含SSR的EST序列30条,并利用primer5软件设计引物,进行SSR位点的扩增,其中27对引物扩增产物,24对有较清晰可靠的目标扩增条带,占引物数的80％,且所检测出的芦笋等位基因数量较丰富,平均4.93个/对.这些EST - SSR标记的开发将有助于芦笋群体遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子标记和系谱分析等方面的研究.
위료재호순중개발EST - SSR공능성표기,대래원우NCBI공공수거고적8 590조호순(Asparagus officinalis L.)EST서렬진행간단중복서렬SSR수색.척제용여서렬,득도비용여서렬8 377조.재비용여서렬중공알굴출469개EST - SSR,평균상격14.80 kb출현1개SSR.재소유적중복기서중,이핵감산중복기서적SSR소점비례최고40.51％ (190/469),기차시삼핵감산34.97％ (164/469),륙핵감산21.11％(99/469).재소유기서리,CT/AG출현적빈솔최고유62차,점전부중복기서적13.22％ (62/469).선취함SSR적EST서렬30조,병이용primer5연건설계인물,진행SSR위점적확증,기중27대인물확증산물,24대유교청석가고적목표확증조대,점인물수적80％,차소검측출적호순등위기인수량교봉부,평균4.93개/대.저사EST - SSR표기적개발장유조우호순군체유전다양성、유전도보구건、기인정위、분자표기화계보분석등방면적연구.