西部医学
西部醫學
서부의학
MEDICAL JOURNAL OF WEST CHINA
2012年
10期
1851-1855
,共5页
朱璐%史春梅%崔焱%徐广峰%季晨博%倪毓辉%郭锡熔
硃璐%史春梅%崔焱%徐廣峰%季晨博%倪毓輝%郭錫鎔
주로%사춘매%최염%서엄봉%계신박%예육휘%곽석용
miR-335%miRNA%生物信息学%人脂肪细胞%肥胖
miR-335%miRNA%生物信息學%人脂肪細胞%肥胖
miR-335%miRNA%생물신식학%인지방세포%비반
目的 对hsa-miR-335进行系统的生物信息学分析,预测hsa-miR-335可能参与的生物学过程,为本研究小组深入研究其在脂肪细胞分化中的功能和机制奠定基础.方法 通过miRbase获取并分析hsa-miR-335序列特征；应用TargetScan,PicTar及miRanda预测hsa-miR-335的靶基因,并结合已证实的靶标基因,进行功能注释(GeneOntology)和Pathway富集分析(Pathway Enrichment).应用NCBI Mapviewer、UCSC Genome Browser等工具对hsa-miR-335进行启动子相关预测.结果 miR-335在各物种之间具有高度保守性,其靶基因功能富集于胰腺外分泌、脂质激酶活性调控、wnt受体信号的调控、细胞周期等生物学过程(P＞0.01),其靶基因信号通路富集于促性腺激素释放激素信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、细胞周期等信号转导通路(P＜0.05).启动子预测提示hsa-miR-335为基因内miRNA,在基因组上下游10kb以内存在CpG岛,转录起始位置(TSS)、Poly A信号、转录因子结合位置(TFBS).结论 hsa-miR-335预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,与肥胖密切相关,并可能存在其独立的转录调控机制.为后续miR-335在肥胖人脂肪细胞中生物学功能研究奠定基础.
目的 對hsa-miR-335進行繫統的生物信息學分析,預測hsa-miR-335可能參與的生物學過程,為本研究小組深入研究其在脂肪細胞分化中的功能和機製奠定基礎.方法 通過miRbase穫取併分析hsa-miR-335序列特徵；應用TargetScan,PicTar及miRanda預測hsa-miR-335的靶基因,併結閤已證實的靶標基因,進行功能註釋(GeneOntology)和Pathway富集分析(Pathway Enrichment).應用NCBI Mapviewer、UCSC Genome Browser等工具對hsa-miR-335進行啟動子相關預測.結果 miR-335在各物種之間具有高度保守性,其靶基因功能富集于胰腺外分泌、脂質激酶活性調控、wnt受體信號的調控、細胞週期等生物學過程(P＞0.01),其靶基因信號通路富集于促性腺激素釋放激素信號通路、MAPK信號通路、胰島素信號通路、細胞週期等信號轉導通路(P＜0.05).啟動子預測提示hsa-miR-335為基因內miRNA,在基因組上下遊10kb以內存在CpG島,轉錄起始位置(TSS)、Poly A信號、轉錄因子結閤位置(TFBS).結論 hsa-miR-335預測的靶基因集閤富集于多箇生物學過程,與肥胖密切相關,併可能存在其獨立的轉錄調控機製.為後續miR-335在肥胖人脂肪細胞中生物學功能研究奠定基礎.
목적 대hsa-miR-335진행계통적생물신식학분석,예측hsa-miR-335가능삼여적생물학과정,위본연구소조심입연구기재지방세포분화중적공능화궤제전정기출.방법 통과miRbase획취병분석hsa-miR-335서렬특정；응용TargetScan,PicTar급miRanda예측hsa-miR-335적파기인,병결합이증실적파표기인,진행공능주석(GeneOntology)화Pathway부집분석(Pathway Enrichment).응용NCBI Mapviewer、UCSC Genome Browser등공구대hsa-miR-335진행계동자상관예측.결과 miR-335재각물충지간구유고도보수성,기파기인공능부집우이선외분비、지질격매활성조공、wnt수체신호적조공、세포주기등생물학과정(P＞0.01),기파기인신호통로부집우촉성선격소석방격소신호통로、MAPK신호통로、이도소신호통로、세포주기등신호전도통로(P＜0.05).계동자예측제시hsa-miR-335위기인내miRNA,재기인조상하유10kb이내존재CpG도,전록기시위치(TSS)、Poly A신호、전록인자결합위치(TFBS).결론 hsa-miR-335예측적파기인집합부집우다개생물학과정,여비반밀절상관,병가능존재기독립적전록조공궤제.위후속miR-335재비반인지방세포중생물학공능연구전정기출.
