生物化学与生物物理进展
生物化學與生物物理進展
생물화학여생물물리진전
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS
2009年
11期
1415-1422
,共8页
黄波%李文婷%李雯%夏雪峰%孙之荣
黃波%李文婷%李雯%夏雪峰%孫之榮
황파%리문정%리문%하설봉%손지영
参数统计分析方法%基因集合%反常基因
參數統計分析方法%基因集閤%反常基因
삼수통계분석방법%기인집합%반상기인
parametric statistical method%gene sets%deregulated
肿瘤的发生与发展通常是由重要的细胞通路表达水平的反常导致的.尽管目前已经有很多工作利用基因表达谱数据以及一些其他的先验知识来寻找那些与肿瘤相关的基因集合,但还是没有一个恰当的基因集合的统计学方法.大多数研究都是直接将单基因的检验方法直接应用到基因集合上来.提出了基因集合的参数统计分析方法(p-SAGE),这个方法应用到大脑肿瘤的实验中,识别了许多显著的基因集合.一些新发现的基因集合是与信号转导和免疫相关的.这个简便有效的方法可以得出有生物学意义的结果.
腫瘤的髮生與髮展通常是由重要的細胞通路錶達水平的反常導緻的.儘管目前已經有很多工作利用基因錶達譜數據以及一些其他的先驗知識來尋找那些與腫瘤相關的基因集閤,但還是沒有一箇恰噹的基因集閤的統計學方法.大多數研究都是直接將單基因的檢驗方法直接應用到基因集閤上來.提齣瞭基因集閤的參數統計分析方法(p-SAGE),這箇方法應用到大腦腫瘤的實驗中,識彆瞭許多顯著的基因集閤.一些新髮現的基因集閤是與信號轉導和免疫相關的.這箇簡便有效的方法可以得齣有生物學意義的結果.
종류적발생여발전통상시유중요적세포통로표체수평적반상도치적.진관목전이경유흔다공작이용기인표체보수거이급일사기타적선험지식래심조나사여종류상관적기인집합,단환시몰유일개흡당적기인집합적통계학방법.대다수연구도시직접장단기인적검험방법직접응용도기인집합상래.제출료기인집합적삼수통계분석방법(p-SAGE),저개방법응용도대뇌종류적실험중,식별료허다현저적기인집합.일사신발현적기인집합시여신호전도화면역상관적.저개간편유효적방법가이득출유생물학의의적결과.
Tumor genesis and development often result from deregulation of important biological pathways at the gene expression level. Although there has been much work focused on searching gene sets using gene expression data or other prior information, proper statistical testing of the gene sets is still an open question. Most studies have expanded the testing method of a single gene into the gene sets. Parametric statistical analysis of gene sets ( p-SAGE ) was presented for determining the significant gene sets or pathways associated with a phenotype of interest. The method was applied to brain tumor experiments to identify many gene sets. Some of the newly discovered gene sets were related to signal transduction and immunity. This simple and effective method gives useful biologically meaningful results.