CAJ | 학술논문

采用分子动力学和MM/PBSA相结合的方法预测了表皮生长因子受体和4-苯胺喹唑啉类抑制剂的相互作用模式.在分子动力学采样的基础上,采用MM/PBSA的方法分别预测了四种可能结合模式下表皮生长因子受体和4-苯胺喹唑啉类抑制剂间的结合自由能.在MM/PBSA计算中,受体和抑制剂之间的非键相互作用能采用分子力学(MM)的方法得到;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Possion-Boltzmanne(PB)方程的方法得到;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积计算(SA)的方法得到.计算表明,在四种结合模式下,表皮生长因子受体和4-苯胺喹唑啉类抑制剂之间的结合自由能有较大的差别.在最佳的相互作用模式中,抑制剂的苯胺部分位于活性口袋的底部,能够与受体残基的非极性侧链产生很强的范德华和疏水相互作用.抑制剂喹唑啉环上的N(1)原子能够和Met-769上的NH形成稳定的氢键,而抑制剂上的N(3)原子则和周围的一个水分子形成氢键.同时,抑制剂双环上的取代基团也能和活性口袋外部的部分残基形成一定的范德华和疏水相互作用.最佳结合模式能够很好地解释已有抑制剂结构和活性间的关系.
채용분자동역학화MM/PBSA상결합적방법예측료표피생장인자수체화4-분알규서람류억제제적상호작용모식.재분자동역학채양적기출상,채용MM/PBSA적방법분별예측료사충가능결합모식하표피생장인자수체화4-분알규서람류억제제간적결합자유능.재MM/PBSA계산중,수체화억제제지간적비건상호작용능채용분자역학(MM)적방법득도;용제효응중겁성부분대자유능적공헌통과해Possion-Boltzmanne(PB)방정적방법득도;용액효응중비겁성부분대자유능적공헌칙통과분자표면적계산(SA)적방법득도.계산표명,재사충결합모식하,표피생장인자수체화4-분알규서람류억제제지간적결합자유능유교대적차별.재최가적상호작용모식중,억제제적분알부분위우활성구대적저부,능구여수체잔기적비겁성측련산생흔강적범덕화화소수상호작용.억제제규서람배상적N(1)원자능구화Met-769상적NH형성은정적경건,이억제제상적N(3)원자칙화주위적일개수분자형성경건.동시,억제제쌍배상적취대기단야능화활성구대외부적부분잔기형성일정적범덕화화소수상호작용.최가결합모식능구흔호지해석이유억제제결구화활성간적관계.