物理化学学报
物理化學學報
물이화학학보
ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA
2009年
4期
783-791
,共9页
G-四链体%G-四平面%Hoogsteen氢键%π-π堆积作用%分子动力学模拟%端粒抑素
G-四鏈體%G-四平麵%Hoogsteen氫鍵%π-π堆積作用%分子動力學模擬%耑粒抑素
G-사련체%G-사평면%Hoogsteen경건%π-π퇴적작용%분자동역학모의%단립억소
利用分子动力学模拟方法,考察了人体端粒中(3+1)混合结构G-四链体的结构及稳定性问题.讨论了配位K+离子、药物分子(端粒抑素)和溶剂水分子对G-四链体的Hoogsteen氢键结构、π-π堆积作用的影响.研究表明,K+离子与鸟嘌呤碱基上O6原子的配位作用减弱了对角鸟嘌呤间O6-O6的静电排斥作用,使得相邻的四个鸟嘌呤能够以Hoogsteen氢键结合的方式形成具有近平面结构的稳定G-四平面.另一方面,G-四平面间、G-四半面与药物分子间的π-π堆积作用降低了G-四链体复合物的总能,有利于其稳定存在.此外,溶剂水分子主要分布在G-四链体的TTA环、骨架和糖环的周围,使其位移涨落增大;然而,在3 ns动力学模拟中,由于水分子没有进入到G-四链体的空腔中,溶剂水对G-四平面的结构影响不明显.
利用分子動力學模擬方法,攷察瞭人體耑粒中(3+1)混閤結構G-四鏈體的結構及穩定性問題.討論瞭配位K+離子、藥物分子(耑粒抑素)和溶劑水分子對G-四鏈體的Hoogsteen氫鍵結構、π-π堆積作用的影響.研究錶明,K+離子與鳥嘌呤堿基上O6原子的配位作用減弱瞭對角鳥嘌呤間O6-O6的靜電排斥作用,使得相鄰的四箇鳥嘌呤能夠以Hoogsteen氫鍵結閤的方式形成具有近平麵結構的穩定G-四平麵.另一方麵,G-四平麵間、G-四半麵與藥物分子間的π-π堆積作用降低瞭G-四鏈體複閤物的總能,有利于其穩定存在.此外,溶劑水分子主要分佈在G-四鏈體的TTA環、骨架和糖環的週圍,使其位移漲落增大;然而,在3 ns動力學模擬中,由于水分子沒有進入到G-四鏈體的空腔中,溶劑水對G-四平麵的結構影響不明顯.
이용분자동역학모의방법,고찰료인체단립중(3+1)혼합결구G-사련체적결구급은정성문제.토론료배위K+리자、약물분자(단립억소)화용제수분자대G-사련체적Hoogsteen경건결구、π-π퇴적작용적영향.연구표명,K+리자여조표령감기상O6원자적배위작용감약료대각조표령간O6-O6적정전배척작용,사득상린적사개조표령능구이Hoogsteen경건결합적방식형성구유근평면결구적은정G-사평면.령일방면,G-사평면간、G-사반면여약물분자간적π-π퇴적작용강저료G-사련체복합물적총능,유리우기은정존재.차외,용제수분자주요분포재G-사련체적TTA배、골가화당배적주위,사기위이창락증대;연이,재3 ns동역학모의중,유우수분자몰유진입도G-사련체적공강중,용제수대G-사평면적결구영향불명현.
