原子与分子物理学报
原子與分子物理學報
원자여분자물이학보
CHINESE JOURNAL OF ATOMIC AND MOLECULAR PHYSICS
2008年
4期
833-837
,共5页
高压%压缩系数%分子动力学模拟%去折叠%小蛋白
高壓%壓縮繫數%分子動力學模擬%去摺疊%小蛋白
고압%압축계수%분자동역학모의%거절첩%소단백
实验表明水的压缩系数随着压强的改变会发生变化,这种改变将对高压致蛋白质变性的充分含水动力学模拟结果产生直接影响,然而很多高压变性的分子动力学模拟并没有考虑这一点.在温度为300 K,压强为200 MPa、1000 MPa时,利用GROMACS软件包对两种小蛋白Chignolin和Trpcage进行了总计300ns的分子动力学模拟,模拟中考虑了水的压缩系数随压强的改变情况,然后将模拟结果与压缩系数维持在O.1 MPa时的情况进行了比较.结果发现,压缩系数对蛋白质高压变性的影响很大,依据实验数据对不同压强的压缩系数进行调整后,小蛋白Chignolin在高压变性中出现完全去折叠.这为分子动力学模拟研究蛋白质高压变性提供了正确的途径和理论依据.
實驗錶明水的壓縮繫數隨著壓彊的改變會髮生變化,這種改變將對高壓緻蛋白質變性的充分含水動力學模擬結果產生直接影響,然而很多高壓變性的分子動力學模擬併沒有攷慮這一點.在溫度為300 K,壓彊為200 MPa、1000 MPa時,利用GROMACS軟件包對兩種小蛋白Chignolin和Trpcage進行瞭總計300ns的分子動力學模擬,模擬中攷慮瞭水的壓縮繫數隨壓彊的改變情況,然後將模擬結果與壓縮繫數維持在O.1 MPa時的情況進行瞭比較.結果髮現,壓縮繫數對蛋白質高壓變性的影響很大,依據實驗數據對不同壓彊的壓縮繫數進行調整後,小蛋白Chignolin在高壓變性中齣現完全去摺疊.這為分子動力學模擬研究蛋白質高壓變性提供瞭正確的途徑和理論依據.
실험표명수적압축계수수착압강적개변회발생변화,저충개변장대고압치단백질변성적충분함수동역학모의결과산생직접영향,연이흔다고압변성적분자동역학모의병몰유고필저일점.재온도위300 K,압강위200 MPa、1000 MPa시,이용GROMACS연건포대량충소단백Chignolin화Trpcage진행료총계300ns적분자동역학모의,모의중고필료수적압축계수수압강적개변정황,연후장모의결과여압축계수유지재O.1 MPa시적정황진행료비교.결과발현,압축계수대단백질고압변성적영향흔대,의거실험수거대불동압강적압축계수진행조정후,소단백Chignolin재고압변성중출현완전거절첩.저위분자동역학모의연구단백질고압변성제공료정학적도경화이론의거.
