山东建筑大学学报
山東建築大學學報
산동건축대학학보
JOURNAL OF SHANDONG JIANZHU UNIVERSITY
2010年
4期
359-363
,共5页
物理化学%结合口袋%分子动力学%HIV-1蛋白酶%TMC114
物理化學%結閤口袋%分子動力學%HIV-1蛋白酶%TMC114
물이화학%결합구대%분자동역학%HIV-1단백매%TMC114
水分子在生物分子的稳定、动力学和功能方面发挥着重要作用.采用3ns分子动力学模拟, 从不同侧面系统地研究了HIV-1蛋白酶与其抑制剂TMC114结合口袋内的五个水分子的功能作用.结果表明:水分子可以保持PR-TMC114的动力学和结构以及绑定特性的稳定;复合体的晶体结构和平均结构的比较表明Wat301、Wat2和Wat5在分子动力学模拟过程中是守恒的;对氢键的分析证实Wat301可以稳定PR与TMC114抑制剂柔性区域的结构,并且Wat2和Wat5能增强活动位点的稳定性.
水分子在生物分子的穩定、動力學和功能方麵髮揮著重要作用.採用3ns分子動力學模擬, 從不同側麵繫統地研究瞭HIV-1蛋白酶與其抑製劑TMC114結閤口袋內的五箇水分子的功能作用.結果錶明:水分子可以保持PR-TMC114的動力學和結構以及綁定特性的穩定;複閤體的晶體結構和平均結構的比較錶明Wat301、Wat2和Wat5在分子動力學模擬過程中是守恆的;對氫鍵的分析證實Wat301可以穩定PR與TMC114抑製劑柔性區域的結構,併且Wat2和Wat5能增彊活動位點的穩定性.
수분자재생물분자적은정、동역학화공능방면발휘착중요작용.채용3ns분자동역학모의, 종불동측면계통지연구료HIV-1단백매여기억제제TMC114결합구대내적오개수분자적공능작용.결과표명:수분자가이보지PR-TMC114적동역학화결구이급방정특성적은정;복합체적정체결구화평균결구적비교표명Wat301、Wat2화Wat5재분자동역학모의과정중시수항적;대경건적분석증실Wat301가이은정PR여TMC114억제제유성구역적결구,병차Wat2화Wat5능증강활동위점적은정성.
