棉花学报
棉花學報
면화학보
COTTON SCIENCE
2008年
6期
418-424
,共7页
雷蒙德氏棉%亚洲棉%EST拼接%SSR丰度
雷矇德氏棉%亞洲棉%EST拼接%SSR豐度
뢰몽덕씨면%아주면%EST병접%SSR봉도
利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉(Gossypium arboretum L.)及63588条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii L.)的EST序列共计64.08 Mb(约相当于基因组的6.02%)分别进行拼接,比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度差异.结果表明:拼接后的一致性序列中,亚洲棉比雷蒙德氏棉存在较高比例的单条序列簇;亚洲棉一至六碱基6种重复类型的SSR间隔距离分别比雷蒙德氏棉的大;亚洲棉中二到六碱基等5种重复类型的比例高于雷蒙德氏棉,但单碱基重复类型比例低于雷蒙德氏棉;两棉种的单碱基、四碱基和六碱基重复类型的优势重复基序和丰度也不同.因此,认为利用四、五、六碱基三种重复类型设计的SSR引物可以有效地鉴定亚洲棉和雷蒙德氏棉的基因组差异.对四倍体棉种的A、D亚组供体棉种中SSR的差异分析,为SSR标记开发、棉种起源和进化的深入研究提供更多有用的信息.
利用生物信息學相關方法對NCBI數據庫中39277條亞洲棉(Gossypium arboretum L.)及63588條雷矇德氏棉(Gossypium raimondii L.)的EST序列共計64.08 Mb(約相噹于基因組的6.02%)分彆進行拼接,比較分析瞭兩棉種簡單重複序列的重複類型及豐度差異.結果錶明:拼接後的一緻性序列中,亞洲棉比雷矇德氏棉存在較高比例的單條序列簇;亞洲棉一至六堿基6種重複類型的SSR間隔距離分彆比雷矇德氏棉的大;亞洲棉中二到六堿基等5種重複類型的比例高于雷矇德氏棉,但單堿基重複類型比例低于雷矇德氏棉;兩棉種的單堿基、四堿基和六堿基重複類型的優勢重複基序和豐度也不同.因此,認為利用四、五、六堿基三種重複類型設計的SSR引物可以有效地鑒定亞洲棉和雷矇德氏棉的基因組差異.對四倍體棉種的A、D亞組供體棉種中SSR的差異分析,為SSR標記開髮、棉種起源和進化的深入研究提供更多有用的信息.
이용생물신식학상관방법대NCBI수거고중39277조아주면(Gossypium arboretum L.)급63588조뢰몽덕씨면(Gossypium raimondii L.)적EST서렬공계64.08 Mb(약상당우기인조적6.02%)분별진행병접,비교분석료량면충간단중복서렬적중복류형급봉도차이.결과표명:병접후적일치성서렬중,아주면비뢰몽덕씨면존재교고비례적단조서렬족;아주면일지륙감기6충중복류형적SSR간격거리분별비뢰몽덕씨면적대;아주면중이도륙감기등5충중복류형적비례고우뢰몽덕씨면,단단감기중복류형비례저우뢰몽덕씨면;량면충적단감기、사감기화륙감기중복류형적우세중복기서화봉도야불동.인차,인위이용사、오、륙감기삼충중복류형설계적SSR인물가이유효지감정아주면화뢰몽덕씨면적기인조차이.대사배체면충적A、D아조공체면충중SSR적차이분석,위SSR표기개발、면충기원화진화적심입연구제공경다유용적신식.
