病毒学报
病毒學報
병독학보
CHINESE JOURNAL OF VIROLOGY
2007年
4期
245-251
,共7页
邢江峰%朱汝南%钱渊%赵林清%邓洁%王芳%孙宇
邢江峰%硃汝南%錢淵%趙林清%鄧潔%王芳%孫宇
형강봉%주여남%전연%조림청%산길%왕방%손우
新冠状病毒%HCoV-NL63%N蛋白%E蛋白%二级结构%生物信息学
新冠狀病毒%HCoV-NL63%N蛋白%E蛋白%二級結構%生物信息學
신관상병독%HCoV-NL63%N단백%E단백%이급결구%생물신식학
为了解北京地区新近发现的新型冠状病毒-人冠状病毒NL63(Human coronavirus NL63,HCoV-NL63)的N和E蛋白编码基因的特征,从经RT-PCR检测阳性的临床标本中扩增得到的HCoV-NL63 N蛋白和E蛋白编码基因序列,分别克隆至pCF-T和pUCm-T载体中并进行测序,同时运用生物信息学的方法,对北京HCoV-NL63阳性标本BJ8081 N和E蛋白编码基因的核苷酸和氨基酸序列与HCoV-NL63原型株及其他几种冠状病毒的N和E蛋白编码基因的核苷酸和氨基酸序列进行比较分析和种系进化分析;用SOPMA方法对BJ8081 N和E蛋白的二级结构进行了预测分析,并对N和E蛋白的其他生物学特性进行了预测分析.经序列比对分析发现,BJ8081 N蛋白氨基酸序列在78～85肽段(FYYLGTGP)内与所比较的其他冠状病毒N蛋白相应位置的氨基酸序列完全相同,提示此区段可能为包括HCoV-NL63在内的所有冠状病毒N蛋白的保守区域.在BJ8081 N蛋白氨基酸序列的100～121肽段可能是和基因组RNA相结合的位置;在BJ8081 E蛋白的15～37位氨基酸可能是E蛋白的跨膜区域.研究对BJ8081 N蛋白和E蛋白的编码基因序列进行了测定和生物信息学分析,为今后对HCoV-NL63的进一步深入研究奠定了基础.
為瞭解北京地區新近髮現的新型冠狀病毒-人冠狀病毒NL63(Human coronavirus NL63,HCoV-NL63)的N和E蛋白編碼基因的特徵,從經RT-PCR檢測暘性的臨床標本中擴增得到的HCoV-NL63 N蛋白和E蛋白編碼基因序列,分彆剋隆至pCF-T和pUCm-T載體中併進行測序,同時運用生物信息學的方法,對北京HCoV-NL63暘性標本BJ8081 N和E蛋白編碼基因的覈苷痠和氨基痠序列與HCoV-NL63原型株及其他幾種冠狀病毒的N和E蛋白編碼基因的覈苷痠和氨基痠序列進行比較分析和種繫進化分析;用SOPMA方法對BJ8081 N和E蛋白的二級結構進行瞭預測分析,併對N和E蛋白的其他生物學特性進行瞭預測分析.經序列比對分析髮現,BJ8081 N蛋白氨基痠序列在78～85肽段(FYYLGTGP)內與所比較的其他冠狀病毒N蛋白相應位置的氨基痠序列完全相同,提示此區段可能為包括HCoV-NL63在內的所有冠狀病毒N蛋白的保守區域.在BJ8081 N蛋白氨基痠序列的100～121肽段可能是和基因組RNA相結閤的位置;在BJ8081 E蛋白的15～37位氨基痠可能是E蛋白的跨膜區域.研究對BJ8081 N蛋白和E蛋白的編碼基因序列進行瞭測定和生物信息學分析,為今後對HCoV-NL63的進一步深入研究奠定瞭基礎.
위료해북경지구신근발현적신형관상병독-인관상병독NL63(Human coronavirus NL63,HCoV-NL63)적N화E단백편마기인적특정,종경RT-PCR검측양성적림상표본중확증득도적HCoV-NL63 N단백화E단백편마기인서렬,분별극륭지pCF-T화pUCm-T재체중병진행측서,동시운용생물신식학적방법,대북경HCoV-NL63양성표본BJ8081 N화E단백편마기인적핵감산화안기산서렬여HCoV-NL63원형주급기타궤충관상병독적N화E단백편마기인적핵감산화안기산서렬진행비교분석화충계진화분석;용SOPMA방법대BJ8081 N화E단백적이급결구진행료예측분석,병대N화E단백적기타생물학특성진행료예측분석.경서렬비대분석발현,BJ8081 N단백안기산서렬재78～85태단(FYYLGTGP)내여소비교적기타관상병독N단백상응위치적안기산서렬완전상동,제시차구단가능위포괄HCoV-NL63재내적소유관상병독N단백적보수구역.재BJ8081 N단백안기산서렬적100～121태단가능시화기인조RNA상결합적위치;재BJ8081 E단백적15～37위안기산가능시E단백적과막구역.연구대BJ8081 N단백화E단백적편마기인서렬진행료측정화생물신식학분석,위금후대HCoV-NL63적진일보심입연구전정료기출.
