CAJ | 학술논문

目的分析和预测亚洲牛带绦虫(Taeniasaginata asiatica,Ta)乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)基因及其编码蛋白的结构和特性,以指导其生物学功能的实验研究.方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心(NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY, http://ca.expasy.org/)中有关基因和蛋白序列、结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,如DNAman和Vector NTI suite, 从亚洲牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别乳酸脱氢酶(Ta LDH)基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象,酶的活性中心在拓扑结构和空间构象中的位置分布等.结果该基因全长1285bp,编码区为92bp-1084bp,编码331个氨基酸,其推导氨基酸序列与其它物种乳酸脱氢酶氨基酸序列一致性达50%左右,具有乳酸脱氢酶保守结构域.其编码的蛋白相对分子量理论预测值和等电点分别是35268.9Da 和8.03.其编码的蛋白有3个跨膜区、没有其它亚细胞定位序列.α螺旋(H)、β折叠(E)和无规卷曲(L)的比例分别是36.56:22.96:40.48,L-乳酸脱氢酶活化位点,位于189-195aa,Ta LDH氨基酸序列中有16个潜在抗原表位,酶催化位点的关键氨基酸在不同物种中保守,在空间结构中3个关键氨基酸相互靠近.结论应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了Ta LDH的cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面的信息.
목적 분석화예측아주우대조충(Taeniasaginata asiatica,Ta)유산탈경매(lactate dehydrogenase,LDH)기인급기편마단백적결구화특성,이지도기생물학공능적실험연구.방법 이용생물신식망참여미국국가생물기술신식중심(NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)화서사생물신식학연구소적단백분석전가계통(ExPASY, http://ca.expasy.org/)중유관기인화단백서렬、결구신식분석적각충공구,결합기타생물신식학분석연건포,여DNAman화Vector NTI suite, 종아주우대조충전장cDNA질립문고중식별유산탈경매(Ta LDH)기인급기편마구,분석、예측해기인편마적단백질적이화특성、항원표위、번역후적수식위점、공능역、아세포정위、탁복결구、이급결구、삼유공간구상,매적활성중심재탁복결구화공간구상중적위치분포등.결과 해기인전장1285bp,편마구위92bp-1084bp,편마331개안기산,기추도안기산서렬여기타물충유산탈경매안기산서렬일치성체50%좌우,구유유산탈경매보수결구역.기편마적단백상대분자량이론예측치화등전점분별시35268.9Da 화8.03.기편마적단백유3개과막구、몰유기타아세포정위서렬.α라선(H)、β절첩(E)화무규권곡(L)적비례분별시36.56:22.96:40.48,L-유산탈경매활화위점,위우189-195aa,Ta LDH안기산서렬중유16개잠재항원표위,매최화위점적관건안기산재불동물충중보수,재공간결구중3개관건안기산상호고근.결론 응용생물신식방법 종아주우대조충성충cDNA문고중사선출료Ta LDH적cDNA전장서렬병예측득도기결구여공능방면적신식.