植物学报
植物學報
식물학보
BULLETIN OF BOTANY
2009年
2期
159-166
,共8页
张晓鹏%黄智星%周杰%修乃华%钟扬%陈凡
張曉鵬%黃智星%週傑%脩迺華%鐘颺%陳凡
장효붕%황지성%주걸%수내화%종양%진범
基因注释%微阵列%最短路径%过渡共表达
基因註釋%微陣列%最短路徑%過渡共錶達
기인주석%미진렬%최단로경%과도공표체
目前微阵列数据分析方法都基于具有相似表达模式的基因可能具有相近的生物学功能这一假设,而实际上参与同一生物学功能的基因,在表达时间和空间上是有关联的,而并非表现为相似模式.利用水稻cDNA微阵列,对水稻在ABA及干旱、寒冷和高盐胁迫条件下的基因表达进行了研究.选取环境胁迫和ABA应答的相关基因,采用最短路径法(shortest path),利用自行编制的计算软件,在表达模式不直接相关的基因之间构建最短路径.研究表明,通过分析这些基因的表达数据,可以发现它们在功能上的关联性,并对未知基因的功能预测进行了探索,为构建水稻在ABA和环境胁迫条件下的分子应答网络奠定了基础.
目前微陣列數據分析方法都基于具有相似錶達模式的基因可能具有相近的生物學功能這一假設,而實際上參與同一生物學功能的基因,在錶達時間和空間上是有關聯的,而併非錶現為相似模式.利用水稻cDNA微陣列,對水稻在ABA及榦旱、寒冷和高鹽脅迫條件下的基因錶達進行瞭研究.選取環境脅迫和ABA應答的相關基因,採用最短路徑法(shortest path),利用自行編製的計算軟件,在錶達模式不直接相關的基因之間構建最短路徑.研究錶明,通過分析這些基因的錶達數據,可以髮現它們在功能上的關聯性,併對未知基因的功能預測進行瞭探索,為構建水稻在ABA和環境脅迫條件下的分子應答網絡奠定瞭基礎.
목전미진렬수거분석방법도기우구유상사표체모식적기인가능구유상근적생물학공능저일가설,이실제상삼여동일생물학공능적기인,재표체시간화공간상시유관련적,이병비표현위상사모식.이용수도cDNA미진렬,대수도재ABA급간한、한랭화고염협박조건하적기인표체진행료연구.선취배경협박화ABA응답적상관기인,채용최단로경법(shortest path),이용자행편제적계산연건,재표체모식불직접상관적기인지간구건최단로경.연구표명,통과분석저사기인적표체수거,가이발현타문재공능상적관련성,병대미지기인적공능예측진행료탐색,위구건수도재ABA화배경협박조건하적분자응답망락전정료기출.
