计算机与应用化学
計算機與應用化學
계산궤여응용화학
COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY
2003年
5期
556-562
,共7页
苏振强%廖晨钟%谢爱华%鲁先平%石乐明
囌振彊%廖晨鐘%謝愛華%魯先平%石樂明
소진강%료신종%사애화%로선평%석악명
化学结构数据库%VF2算法%结构检索%Oracle%药物开发%化学基因组学
化學結構數據庫%VF2算法%結構檢索%Oracle%藥物開髮%化學基因組學
화학결구수거고%VF2산법%결구검색%Oracle%약물개발%화학기인조학
设计了一种基于大型数据库管理系统Oracle的化学结构数据存储模式,并实现了相应于此模式的高效化学结构检索方法.结构检索方法建立在图子图匹配算法VF2的基础上,对其进行了必要的改造和扩展,使之适合于化学结构检索.在此基础上,针对美国NCI(National Cancer Institute)25万个化合物的2D结构建立了数据库,成功进行了结构检索试验.结果表明,这种实现方法不仅能高效存储并准确检索化合物的结构信息,而且也容易实现与药物研发过程中所产生的大量其它数据(如生物筛选数据和DNA芯片基因表达数据等)进行高效整合.这个设计的改进版已经集成于微芯公司的药物研发生化信息学软件系统--TASS(Target Activity Structure System)中.
設計瞭一種基于大型數據庫管理繫統Oracle的化學結構數據存儲模式,併實現瞭相應于此模式的高效化學結構檢索方法.結構檢索方法建立在圖子圖匹配算法VF2的基礎上,對其進行瞭必要的改造和擴展,使之適閤于化學結構檢索.在此基礎上,針對美國NCI(National Cancer Institute)25萬箇化閤物的2D結構建立瞭數據庫,成功進行瞭結構檢索試驗.結果錶明,這種實現方法不僅能高效存儲併準確檢索化閤物的結構信息,而且也容易實現與藥物研髮過程中所產生的大量其它數據(如生物篩選數據和DNA芯片基因錶達數據等)進行高效整閤.這箇設計的改進版已經集成于微芯公司的藥物研髮生化信息學軟件繫統--TASS(Target Activity Structure System)中.
설계료일충기우대형수거고관리계통Oracle적화학결구수거존저모식,병실현료상응우차모식적고효화학결구검색방법.결구검색방법건립재도자도필배산법VF2적기출상,대기진행료필요적개조화확전,사지괄합우화학결구검색.재차기출상,침대미국NCI(National Cancer Institute)25만개화합물적2D결구건립료수거고,성공진행료결구검색시험.결과표명,저충실현방법불부능고효존저병준학검색화합물적결구신식,이차야용역실현여약물연발과정중소산생적대량기타수거(여생물사선수거화DNA심편기인표체수거등)진행고효정합.저개설계적개진판이경집성우미심공사적약물연발생화신식학연건계통--TASS(Target Activity Structure System)중.
