昆虫学报
昆蟲學報
곤충학보
ACTA ENTOMOLOGICA SINICA
2008年
8期
792-797
,共6页
日本通草蛉%cDNA文库%表达序列标签(EST)%序列分析%系统树
日本通草蛉%cDNA文庫%錶達序列標籤(EST)%序列分析%繫統樹
일본통초령%cDNA문고%표체서렬표첨(EST)%서렬분석%계통수
本研究以日本通草蛉 Chrysoperla nipponensis(Okamoto)为材料,采用Oligo(dT)引物定向克隆构建cDNA文库并进行EST序列测定,旨在以基因库的形式进行种质资源的保存,为其遗传改良奠定基础,并为探讨其分类地位提供分子依据.对该文库质量分析表明:库容量为1.0×10 6,重组率为80.0%,平均插入片段为512 bp.测序后最终成功得到323条表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)序列,经Phrap程序聚类拼接后得到236条单基因簇(unigene),包括86个重叠群(congtigs)和150个单拷贝(singlets).使用NCBI中的BlastN和BlastX程序对236条ESTs进行本地化搜索, BlastN的结果表明: 180条ESTs(76.3%)没有注解, 56条ESTs(23.7%)与GenBank上公布的序列有较高的同源性,其中一条序列被确定为该种的16S rRNA基因,利用MEGA软件构建了基于该16S rRNA序列草蛉科的系统发育树,结果显示通草蛉属 Chrysoperla 与叉草蛉属 Dichochrysa 、玛草蛉属 Mallada 、草蛉属 Chrysopa 的亲缘关系比较近,这与传统分类相吻合.BlastX的比对结果为197条ESTs(83.5%)有功能注解, 39条ESTs(16.5%)无注解或score值小于100.使用GO(gene ontology)数据库对236条ESTs序列进行功能注释,结果表明: 142条ESTs(59.7%)有注解,并表达出40多种基因产物.
本研究以日本通草蛉 Chrysoperla nipponensis(Okamoto)為材料,採用Oligo(dT)引物定嚮剋隆構建cDNA文庫併進行EST序列測定,旨在以基因庫的形式進行種質資源的保存,為其遺傳改良奠定基礎,併為探討其分類地位提供分子依據.對該文庫質量分析錶明:庫容量為1.0×10 6,重組率為80.0%,平均插入片段為512 bp.測序後最終成功得到323條錶達序列標籤(expressed sequence tags,ESTs)序列,經Phrap程序聚類拼接後得到236條單基因簇(unigene),包括86箇重疊群(congtigs)和150箇單拷貝(singlets).使用NCBI中的BlastN和BlastX程序對236條ESTs進行本地化搜索, BlastN的結果錶明: 180條ESTs(76.3%)沒有註解, 56條ESTs(23.7%)與GenBank上公佈的序列有較高的同源性,其中一條序列被確定為該種的16S rRNA基因,利用MEGA軟件構建瞭基于該16S rRNA序列草蛉科的繫統髮育樹,結果顯示通草蛉屬 Chrysoperla 與扠草蛉屬 Dichochrysa 、瑪草蛉屬 Mallada 、草蛉屬 Chrysopa 的親緣關繫比較近,這與傳統分類相吻閤.BlastX的比對結果為197條ESTs(83.5%)有功能註解, 39條ESTs(16.5%)無註解或score值小于100.使用GO(gene ontology)數據庫對236條ESTs序列進行功能註釋,結果錶明: 142條ESTs(59.7%)有註解,併錶達齣40多種基因產物.
본연구이일본통초령 Chrysoperla nipponensis(Okamoto)위재료,채용Oligo(dT)인물정향극륭구건cDNA문고병진행EST서렬측정,지재이기인고적형식진행충질자원적보존,위기유전개량전정기출,병위탐토기분류지위제공분자의거.대해문고질량분석표명:고용량위1.0×10 6,중조솔위80.0%,평균삽입편단위512 bp.측서후최종성공득도323조표체서렬표첨(expressed sequence tags,ESTs)서렬,경Phrap정서취류병접후득도236조단기인족(unigene),포괄86개중첩군(congtigs)화150개단고패(singlets).사용NCBI중적BlastN화BlastX정서대236조ESTs진행본지화수색, BlastN적결과표명: 180조ESTs(76.3%)몰유주해, 56조ESTs(23.7%)여GenBank상공포적서렬유교고적동원성,기중일조서렬피학정위해충적16S rRNA기인,이용MEGA연건구건료기우해16S rRNA서렬초령과적계통발육수,결과현시통초령속 Chrysoperla 여차초령속 Dichochrysa 、마초령속 Mallada 、초령속 Chrysopa 적친연관계비교근,저여전통분류상문합.BlastX적비대결과위197조ESTs(83.5%)유공능주해, 39조ESTs(16.5%)무주해혹score치소우100.사용GO(gene ontology)수거고대236조ESTs서렬진행공능주석,결과표명: 142조ESTs(59.7%)유주해,병표체출40다충기인산물.
