食品科学
食品科學
식품과학
FOOD SCIENCE
2010年
19期
216-220
,共5页
王永刚%马建忠%马雪青%周贤婧%李昆鹏%赵虎彪
王永剛%馬建忠%馬雪青%週賢婧%李昆鵬%趙虎彪
왕영강%마건충%마설청%주현청%리곤붕%조호표
马铃薯%α-淀粉酶基因%克隆%生物信息学
馬鈴藷%α-澱粉酶基因%剋隆%生物信息學
마령서%α-정분매기인%극륭%생물신식학
利用RT-PCR方法从马铃薯(Solanum tuberosum)茎段总RNA中扩增、克隆amyA1基因(NCBI登录号GQ406048.1).采用半定量RT-PCR方法检测amyA1基因在马铃薯茎、叶等不同组织中的表达强度,表明在茎组织中的表达丰度略高.利用生物信息学软件分析amyA1密码子的偏好性;同时对AmyA1氨基酸的理化性质、细胞内定位、保守结构及高级结构进行预测.基于NCBI数据库中有物种代表性的29种α-淀粉酶基因序列构建了基因进化树.amyA1基因伞长1224bp,可编码一条理论分子质最为46.40kD、407个氨基酸残基组成的、可能为亲水性的胞外酶.与NCBI已登记的马铃薯α-淀粉酶基因(登录号M79328.1)核苷酸及氨基酸序列同源性达98%.第20～348位点范围内的氨基酸残基含有与淀粉酶13家族及亚家族相似的催化活性域(PF00128、SM00624),第349~407位点范围内的氨基酸残基含有α-淀粉酶C-末端β折叠区域(PF07821).蛋白质结构预测表明氨基酸残基序列有维持淀粉酶活性的(β/α)8桶状结构以及其他儿个功能域结构.所构建的荩因进化树表明,两个马铃薯α-淀粉酶基因与木薯、苹果的序列同源性较高,与菜豆的次之,与水稻、大麦、玉米等单子叶植物的序列同源性较低.
利用RT-PCR方法從馬鈴藷(Solanum tuberosum)莖段總RNA中擴增、剋隆amyA1基因(NCBI登錄號GQ406048.1).採用半定量RT-PCR方法檢測amyA1基因在馬鈴藷莖、葉等不同組織中的錶達彊度,錶明在莖組織中的錶達豐度略高.利用生物信息學軟件分析amyA1密碼子的偏好性;同時對AmyA1氨基痠的理化性質、細胞內定位、保守結構及高級結構進行預測.基于NCBI數據庫中有物種代錶性的29種α-澱粉酶基因序列構建瞭基因進化樹.amyA1基因傘長1224bp,可編碼一條理論分子質最為46.40kD、407箇氨基痠殘基組成的、可能為親水性的胞外酶.與NCBI已登記的馬鈴藷α-澱粉酶基因(登錄號M79328.1)覈苷痠及氨基痠序列同源性達98%.第20～348位點範圍內的氨基痠殘基含有與澱粉酶13傢族及亞傢族相似的催化活性域(PF00128、SM00624),第349~407位點範圍內的氨基痠殘基含有α-澱粉酶C-末耑β摺疊區域(PF07821).蛋白質結構預測錶明氨基痠殘基序列有維持澱粉酶活性的(β/α)8桶狀結構以及其他兒箇功能域結構.所構建的藎因進化樹錶明,兩箇馬鈴藷α-澱粉酶基因與木藷、蘋果的序列同源性較高,與菜豆的次之,與水稻、大麥、玉米等單子葉植物的序列同源性較低.
이용RT-PCR방법종마령서(Solanum tuberosum)경단총RNA중확증、극륭amyA1기인(NCBI등록호GQ406048.1).채용반정량RT-PCR방법검측amyA1기인재마령서경、협등불동조직중적표체강도,표명재경조직중적표체봉도략고.이용생물신식학연건분석amyA1밀마자적편호성;동시대AmyA1안기산적이화성질、세포내정위、보수결구급고급결구진행예측.기우NCBI수거고중유물충대표성적29충α-정분매기인서렬구건료기인진화수.amyA1기인산장1224bp,가편마일조이론분자질최위46.40kD、407개안기산잔기조성적、가능위친수성적포외매.여NCBI이등기적마령서α-정분매기인(등록호M79328.1)핵감산급안기산서렬동원성체98%.제20～348위점범위내적안기산잔기함유여정분매13가족급아가족상사적최화활성역(PF00128、SM00624),제349~407위점범위내적안기산잔기함유α-정분매C-말단β절첩구역(PF07821).단백질결구예측표명안기산잔기서렬유유지정분매활성적(β/α)8통상결구이급기타인개공능역결구.소구건적신인진화수표명,량개마령서α-정분매기인여목서、평과적서렬동원성교고,여채두적차지,여수도、대맥、옥미등단자협식물적서렬동원성교저.
