CAJ | 학술논문

[目的]探讨从EST序列电子克隆全长基因序列的有效性,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供新方法.[方法]以正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库测序所得的EST序列作为起始材料,应用生物信息库对文库中的部分EST序列进行电子克隆,并用RT-PCR验证其准确性.[结果]电子克隆正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库序列,共获得20条片段重叠群( Contigs),经基因注释,证实其均得到了有效延伸,具有完整开放阅读框(ORF),其中已知的猪基因序列14条,猪新基因序列6条；从已知猪基因序列和未知猪新基因序列中各抽取1条感兴趣序列(EST contig110和ESTcontig133)进行全长cDNA预测,发现电子克隆所得序列EST contig110和EST contig133的预期扩增片段(ORF)与实际扩增片段(ORF)基本一致,核苷酸相似性在98.0％以上,氨基酸相似性在93.0％以上.而对EST contig133的ORF序列猪的60S核糖体蛋白L18a亚基)进行基本特性及结构预测,发现ORF133蛋白为非分泌型蛋白,由6个折叠和6个螺旋结构组成,含有8个不同的磷酸化位点.[结论]从EST序列电子克隆全长基因是可行的,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供了参考.
[목적]탐토종EST서렬전자극륭전장기인서렬적유효성,위금후쾌속극륭화연구면역상관기인제공신방법.[방법]이정상저외주혈림파세포cDNA문고측서소득적EST서렬작위기시재료,응용생물신식고대문고중적부분EST서렬진행전자극륭,병용RT-PCR험증기준학성.[결과]전자극륭정상저외주혈림파세포cDNA문고서렬,공획득20조편단중첩군( Contigs),경기인주석,증실기균득도료유효연신,구유완정개방열독광(ORF),기중이지적저기인서렬14조,저신기인서렬6조；종이지저기인서렬화미지저신기인서렬중각추취1조감흥취서렬(EST contig110화ESTcontig133)진행전장cDNA예측,발현전자극륭소득서렬EST contig110화EST contig133적예기확증편단(ORF)여실제확증편단(ORF)기본일치,핵감산상사성재98.0％이상,안기산상사성재93.0％이상.이대EST contig133적ORF서렬저적60S핵당체단백L18a아기)진행기본특성급결구예측,발현ORF133단백위비분비형단백,유6개절첩화6개라선결구조성,함유8개불동적린산화위점.[결론]종EST서렬전자극륭전장기인시가행적,위금후쾌속극륭화연구면역상관기인제공료삼고.