物理化学学报
物理化學學報
물이화학학보
ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA
2003年
8期
723-726
,共4页
侯廷军%章威%黄钦%乔学斌%徐筱杰
侯廷軍%章威%黃欽%喬學斌%徐篠傑
후정군%장위%황흠%교학빈%서소걸
水合自由能%溶剂效应%分子表面%蛋白质%PB/SA(Possion-Boltzmann/分子表面模型)
水閤自由能%溶劑效應%分子錶麵%蛋白質%PB/SA(Possion-Boltzmann/分子錶麵模型)
수합자유능%용제효응%분자표면%단백질%PB/SA(Possion-Boltzmann/분자표면모형)
提出了一种计算蛋白质水合自由能的简化模型( SAWSA 2).模型把蛋白质分子中的原子分为 20种不同的原子类型,通过每类原子的溶剂可及化表面以及相应的溶剂化参数,就可以得到分子的水合自由能.不同原子类型的溶剂化参数通过 110个蛋白质分子水合自由能拟合得到,水合自由能的标准值采用了基于求解 Possion-Boltzmann方程( PB)以及分子表面计算( SA) 相结合的方法.采用得到的模型,预测了 20个蛋白质分子的水合自由能,预测值的相对值和绝对值都能和 PB/SA的计算值很好地吻合,大大优于两种已报导的水合自由能模型.
提齣瞭一種計算蛋白質水閤自由能的簡化模型( SAWSA 2).模型把蛋白質分子中的原子分為 20種不同的原子類型,通過每類原子的溶劑可及化錶麵以及相應的溶劑化參數,就可以得到分子的水閤自由能.不同原子類型的溶劑化參數通過 110箇蛋白質分子水閤自由能擬閤得到,水閤自由能的標準值採用瞭基于求解 Possion-Boltzmann方程( PB)以及分子錶麵計算( SA) 相結閤的方法.採用得到的模型,預測瞭 20箇蛋白質分子的水閤自由能,預測值的相對值和絕對值都能和 PB/SA的計算值很好地吻閤,大大優于兩種已報導的水閤自由能模型.
제출료일충계산단백질수합자유능적간화모형( SAWSA 2).모형파단백질분자중적원자분위 20충불동적원자류형,통과매류원자적용제가급화표면이급상응적용제화삼수,취가이득도분자적수합자유능.불동원자류형적용제화삼수통과 110개단백질분자수합자유능의합득도,수합자유능적표준치채용료기우구해 Possion-Boltzmann방정( PB)이급분자표면계산( SA) 상결합적방법.채용득도적모형,예측료 20개단백질분자적수합자유능,예측치적상대치화절대치도능화 PB/SA적계산치흔호지문합,대대우우량충이보도적수합자유능모형.
