上海大学学报(自然科学版)
上海大學學報(自然科學版)
상해대학학보(자연과학판)
JOURNAL OF SHANGHAI UNIVERSITY
2010年
1期
75-80
,共6页
张玉滨%赵洁苑%龚云路%王翼飞
張玉濱%趙潔苑%龔雲路%王翼飛
장옥빈%조길원%공운로%왕익비
病毒miRNA%MiRfilter%生物基因组%发夹结构%生物学特征
病毒miRNA%MiRfilter%生物基因組%髮夾結構%生物學特徵
병독miRNA%MiRfilter%생물기인조%발협결구%생물학특정
virus miRNA%MiRfilter%biology genome%hairpin structure%biological features
采用生物信息学方法开发了一个预测病毒miRNA的计算机程序MiRfilter,通过提取已知的病毒miRNA的生物学特征,规定参数及参数范围,并以此为筛选标准,预测潜在的病毒miRNA.用EBV和RLCV两种病毒的正负样本对MiRfiher的预测精度进行检测.MiRfilter从39个EBV已知的miRNA中正确识别了30个,从116个负数据中检测到9个假阳性数据;从20个RLCV的miRNA中正确识别了15个,从108个负数据中检测到2个假阳性数据.用取白果蝇和线虫预测区域的186个负数据检测MiRfilwr的特异性,在186个负数据中没有预测出假阳性序列.
採用生物信息學方法開髮瞭一箇預測病毒miRNA的計算機程序MiRfilter,通過提取已知的病毒miRNA的生物學特徵,規定參數及參數範圍,併以此為篩選標準,預測潛在的病毒miRNA.用EBV和RLCV兩種病毒的正負樣本對MiRfiher的預測精度進行檢測.MiRfilter從39箇EBV已知的miRNA中正確識彆瞭30箇,從116箇負數據中檢測到9箇假暘性數據;從20箇RLCV的miRNA中正確識彆瞭15箇,從108箇負數據中檢測到2箇假暘性數據.用取白果蠅和線蟲預測區域的186箇負數據檢測MiRfilwr的特異性,在186箇負數據中沒有預測齣假暘性序列.
채용생물신식학방법개발료일개예측병독miRNA적계산궤정서MiRfilter,통과제취이지적병독miRNA적생물학특정,규정삼수급삼수범위,병이차위사선표준,예측잠재적병독miRNA.용EBV화RLCV량충병독적정부양본대MiRfiher적예측정도진행검측.MiRfilter종39개EBV이지적miRNA중정학식별료30개,종116개부수거중검측도9개가양성수거;종20개RLCV적miRNA중정학식별료15개,종108개부수거중검측도2개가양성수거.용취백과승화선충예측구역적186개부수거검측MiRfilwr적특이성,재186개부수거중몰유예측출가양성서렬.
This paper develops a computational procedure named MiRfilter to predict the vires miRNAs.MiRfilter selects some important biological features of miRNAs as parameters to predict the potential precursors and miRNAs.When using two samples to test MiRfilter's accuracy,it successfully retrieves 30 EBV-encoded miRNAs from 39 known ones,and predicts 9 false positive miRNAs from 1 16 negative ones.Then it retrieves 15 RLCV-encoded miRNAs from 20 known ones and predicts 2 false miRNAs from 108 negative ones.Further,when using another species to test MiRfilter's specificity,it predicts none false positive miRNA from 186 negative ones in D.melanogaster and C.elegans.