物理化学学报
物理化學學報
물이화학학보
ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA
2012年
7期
1665-1675
,共11页
许朝莹%赵立岭%曹赞霞%王吉华
許朝瑩%趙立嶺%曹讚霞%王吉華
허조형%조립령%조찬하%왕길화
P53蛋白%残基突变%结构变化%分子动力学模拟%结构异质性
P53蛋白%殘基突變%結構變化%分子動力學模擬%結構異質性
P53단백%잔기돌변%결구변화%분자동역학모의%결구이질성
基于分子动力学模拟方法研究了R249S、R248W和G245S突变对P53-DNA结合域肽段(残基230-258)结构的影响,采用GROMACS软件包和GROMOS 43A1分子力场,分别对野生型wtP53肽段、单点突变型P53-R249S肽段、两点突变型P53-R249S/R248W肽段和三点突变犁P53-R249S/R248W/G245S肽段进行了4组独立的分子动力学模拟,每组体系模拟时间为500 ns.研究结果表明:R249S单残基突变影响肽段残基形成二级结构的情况,但不改变肽段三维结构的模式,同时使该肽段结构相对稳定；R249S和R248W两残基同时突变会加剧R249S突变对肽段的影响,同时导致三维结构发生较大变化,构象弯曲呈现双turn结构,肽段稳定性进一步增大;G245S突变对肽段的影响与R249S和R248W同时突变对其结构的影响相反,在两残基突变的基础上,G245S突变会使原突变引起的变化减弱甚至消失,同时使得该肽段结构稳定性减小.该研究对认识肿瘤致病分子机制和设计新药物有重要意义.
基于分子動力學模擬方法研究瞭R249S、R248W和G245S突變對P53-DNA結閤域肽段(殘基230-258)結構的影響,採用GROMACS軟件包和GROMOS 43A1分子力場,分彆對野生型wtP53肽段、單點突變型P53-R249S肽段、兩點突變型P53-R249S/R248W肽段和三點突變犛P53-R249S/R248W/G245S肽段進行瞭4組獨立的分子動力學模擬,每組體繫模擬時間為500 ns.研究結果錶明:R249S單殘基突變影響肽段殘基形成二級結構的情況,但不改變肽段三維結構的模式,同時使該肽段結構相對穩定；R249S和R248W兩殘基同時突變會加劇R249S突變對肽段的影響,同時導緻三維結構髮生較大變化,構象彎麯呈現雙turn結構,肽段穩定性進一步增大;G245S突變對肽段的影響與R249S和R248W同時突變對其結構的影響相反,在兩殘基突變的基礎上,G245S突變會使原突變引起的變化減弱甚至消失,同時使得該肽段結構穩定性減小.該研究對認識腫瘤緻病分子機製和設計新藥物有重要意義.
기우분자동역학모의방법연구료R249S、R248W화G245S돌변대P53-DNA결합역태단(잔기230-258)결구적영향,채용GROMACS연건포화GROMOS 43A1분자력장,분별대야생형wtP53태단、단점돌변형P53-R249S태단、량점돌변형P53-R249S/R248W태단화삼점돌변리P53-R249S/R248W/G245S태단진행료4조독립적분자동역학모의,매조체계모의시간위500 ns.연구결과표명:R249S단잔기돌변영향태단잔기형성이급결구적정황,단불개변태단삼유결구적모식,동시사해태단결구상대은정；R249S화R248W량잔기동시돌변회가극R249S돌변대태단적영향,동시도치삼유결구발생교대변화,구상만곡정현쌍turn결구,태단은정성진일보증대;G245S돌변대태단적영향여R249S화R248W동시돌변대기결구적영향상반,재량잔기돌변적기출상,G245S돌변회사원돌변인기적변화감약심지소실,동시사득해태단결구은정성감소.해연구대인식종류치병분자궤제화설계신약물유중요의의.
