福建医科大学学报
福建醫科大學學報
복건의과대학학보
JOURNAL OF FUJIAN MEDICAL UNIVERSITY
2008年
3期
236-239
,共4页
廖之君%马文丽%梁爽%刘华%张海燕%陈数珍%郑文岭
廖之君%馬文麗%樑爽%劉華%張海燕%陳數珍%鄭文嶺
료지군%마문려%량상%류화%장해연%진수진%정문령
荧光%成纤维细胞%辐射,电离%芯片分析技术%自动数据处理
熒光%成纖維細胞%輻射,電離%芯片分析技術%自動數據處理
형광%성섬유세포%복사,전리%심편분석기술%자동수거처리
目的 探讨荧光染料交换标记设计的基因芯片数据挖掘方法,并对低剂量电离辐射影响人成纤维细胞基因表达谱数据进行分析.方法 应用GencSifter在线软件和 Panther 生物学信息数据库,对下载于NCBI的GEO数据库的 8 个样品 GSM(包含4个时间点),选择正确的参数设置上载数据,运用ANOVA方法进行数据挖掘,并对差异表达基因进行功能归类分析.结果 获得203条差异表达基因,合并相同基因名后为176条基因.双向聚类和主成分分析发现,样品的24 h时间点基因表达谱与前3个时间点有显著差异,功能归类分析提示,多个生物通路如细胞周期、核酸代谢、DNA代谢等被显著激活.结论 应用这种方法可以挖掘荧光交换标记的微阵列数据,低剂量电离辐射对人成纤维细胞基因表达有时间累积效应,可能引起DNA损伤、细胞周期阻滞等变化,诱导细胞凋亡.
目的 探討熒光染料交換標記設計的基因芯片數據挖掘方法,併對低劑量電離輻射影響人成纖維細胞基因錶達譜數據進行分析.方法 應用GencSifter在線軟件和 Panther 生物學信息數據庫,對下載于NCBI的GEO數據庫的 8 箇樣品 GSM(包含4箇時間點),選擇正確的參數設置上載數據,運用ANOVA方法進行數據挖掘,併對差異錶達基因進行功能歸類分析.結果 穫得203條差異錶達基因,閤併相同基因名後為176條基因.雙嚮聚類和主成分分析髮現,樣品的24 h時間點基因錶達譜與前3箇時間點有顯著差異,功能歸類分析提示,多箇生物通路如細胞週期、覈痠代謝、DNA代謝等被顯著激活.結論 應用這種方法可以挖掘熒光交換標記的微陣列數據,低劑量電離輻射對人成纖維細胞基因錶達有時間纍積效應,可能引起DNA損傷、細胞週期阻滯等變化,誘導細胞凋亡.
목적 탐토형광염료교환표기설계적기인심편수거알굴방법,병대저제량전리복사영향인성섬유세포기인표체보수거진행분석.방법 응용GencSifter재선연건화 Panther 생물학신식수거고,대하재우NCBI적GEO수거고적 8 개양품 GSM(포함4개시간점),선택정학적삼수설치상재수거,운용ANOVA방법진행수거알굴,병대차이표체기인진행공능귀류분석.결과 획득203조차이표체기인,합병상동기인명후위176조기인.쌍향취류화주성분분석발현,양품적24 h시간점기인표체보여전3개시간점유현저차이,공능귀류분석제시,다개생물통로여세포주기、핵산대사、DNA대사등피현저격활.결론 응용저충방법가이알굴형광교환표기적미진렬수거,저제량전리복사대인성섬유세포기인표체유시간루적효응,가능인기DNA손상、세포주기조체등변화,유도세포조망.
