甘蓝型油菜中一类AP2/ERF转录因子的克隆和生物信息学分析
감람형유채중일류AP2/ERF전록인자적극륭화생물신식학분석
In Silico Cloning and Bioinformatic Analyzing of AP2/ERF Transcription Factor Genes from Brassica napus L.
  • 万方数据
    中国生物工程杂志 중국생물공정잡지
    JOURNAL OF CHINESE BIOTECHNOLOGY
    2008年 5期 29-40 ,共12页

    庄静%周熙荣%孙超才%管帮超%彭日荷%乔玉山%章镇%高峰%蔡斌%熊爱生%姚泉洪

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    AP2/ERF%转录因子%克隆%生物信息学%甘蓝型油菜%沪油15 AP2/ERF%轉錄因子%剋隆%生物信息學%甘藍型油菜%滬油15
    AP2/ERF%전록인자%극륭%생물신식학%감람형유채%호유15
    AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子,AP2/ERF这类转录因子主要参与植物的细胞周期、生长发育以及生物和非生物胁迫相关基因的表达调控.由于拟南芥和油菜同属于芸薹属,具有相似的基因信息,利用油菜UniGene数据库,以拟南芥ERF 转录因子保守序列为探针,通过电子克隆从一个UniGene Cluster中分离得到三个同类的 AP2/ERF转录因子,从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/ 亲水性分析、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构、无序化特性进行了预测和较为全面的分析.结果显示油菜来源的BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3属于AP2/ERF 转录因子的B-2亚族,是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与AtERF1相似.蛋白质无序化分析发现,油菜BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3无序化程度小于拟南芥AtERF1.设计引物通过PCR和RT-PCR方法分别从甘蓝型双低油菜沪油15幼苗的DNA和cDNA中扩增了上述基因,初步分析BnaERF2没有内含子,BnaERF1和BnaERF3有内含子.另外,通过EST丰度分析显示,该类转录因子的表达最高峰在种子中,其次为花,在芽、茎和分生组织中没有检测出表达的存在.
    AP2/ERF전록인자가족시식물중엄범존재적일류전록인자,AP2/ERF저류전록인자주요삼여식물적세포주기、생장발육이급생물화비생물협박상관기인적표체조공.유우의남개화유채동속우예대속,구유상사적기인신식,이용유채UniGene수거고,이의남개ERF 전록인자보수서렬위탐침,통과전자극륭종일개UniGene Cluster중분리득도삼개동류적 AP2/ERF전록인자,종cDNA서렬、안기산서렬적상사성、조성성분、이화성질、소수성/ 친수성분석、서렬비대、진화수、공능역、이급결구、삼급결구、무서화특성진행료예측화교위전면적분석.결과현시유채래원적BnaERF1、BnaERF2화BnaERF3속우AP2/ERF 전록인자적B-2아족,시친수성단백,재단백질적삼급결구상여AtERF1상사.단백질무서화분석발현,유채BnaERF1、BnaERF2화BnaERF3무서화정도소우의남개AtERF1.설계인물통과PCR화RT-PCR방법분별종감람형쌍저유채호유15유묘적DNA화cDNA중확증료상술기인,초보분석BnaERF2몰유내함자,BnaERF1화BnaERF3유내함자.령외,통과EST봉도분석현시,해류전록인자적표체최고봉재충자중,기차위화,재아、경화분생조직중몰유검측출표체적존재.
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