计算机与应用化学
計算機與應用化學
계산궤여응용화학
COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY
2006年
2期
177-182
,共6页
二硫键%半胱氨酸%氨基酸百分含量%支持向量机%协同性
二硫鍵%半胱氨痠%氨基痠百分含量%支持嚮量機%協同性
이류건%반광안산%안기산백분함량%지지향량궤%협동성
提出了两层混合分类器来预测蛋白质半胱氨酸氧化还原状态,第一层总体线性分类器利用氨基酸百分含量作为输入信息,第二层局部SVM分类器利用半胱氨酸周围局部序列作为输入信息.以2002年4月份的PISCES culled PDB数据库中的639条蛋白质多肽链作为研究对象,共含有584条二硫键,2 904个半胱氨酸.经严格的折叠刀方法检验,预测半胱氨酸的氧化还原状态准确率最高可达84.1%(半胱氨酸水平)和80.1%(蛋白质水平).结果表明这种将蛋白质总体信息与局部上下文序列信息结合起来构建的两层混和分类器具有较高的预测准确率.研究结果也表明总体氨基酸百分含量和半胱氨酸周围局部序列都携带有二硫键形成的相关信息,暗示了半胱氨酸是否形成二硫键不但取决于蛋白质全局的结构信息同时也受到局部序列信息的影响.
提齣瞭兩層混閤分類器來預測蛋白質半胱氨痠氧化還原狀態,第一層總體線性分類器利用氨基痠百分含量作為輸入信息,第二層跼部SVM分類器利用半胱氨痠週圍跼部序列作為輸入信息.以2002年4月份的PISCES culled PDB數據庫中的639條蛋白質多肽鏈作為研究對象,共含有584條二硫鍵,2 904箇半胱氨痠.經嚴格的摺疊刀方法檢驗,預測半胱氨痠的氧化還原狀態準確率最高可達84.1%(半胱氨痠水平)和80.1%(蛋白質水平).結果錶明這種將蛋白質總體信息與跼部上下文序列信息結閤起來構建的兩層混和分類器具有較高的預測準確率.研究結果也錶明總體氨基痠百分含量和半胱氨痠週圍跼部序列都攜帶有二硫鍵形成的相關信息,暗示瞭半胱氨痠是否形成二硫鍵不但取決于蛋白質全跼的結構信息同時也受到跼部序列信息的影響.
제출료량층혼합분류기래예측단백질반광안산양화환원상태,제일층총체선성분류기이용안기산백분함량작위수입신식,제이층국부SVM분류기이용반광안산주위국부서렬작위수입신식.이2002년4월빈적PISCES culled PDB수거고중적639조단백질다태련작위연구대상,공함유584조이류건,2 904개반광안산.경엄격적절첩도방법검험,예측반광안산적양화환원상태준학솔최고가체84.1%(반광안산수평)화80.1%(단백질수평).결과표명저충장단백질총체신식여국부상하문서렬신식결합기래구건적량층혼화분류기구유교고적예측준학솔.연구결과야표명총체안기산백분함량화반광안산주위국부서렬도휴대유이류건형성적상관신식,암시료반광안산시부형성이류건불단취결우단백질전국적결구신식동시야수도국부서렬신식적영향.
