中国病原生物学杂志
中國病原生物學雜誌
중국병원생물학잡지
JOURNAL OF PATHOGEN BIOLOGY
2008年
5期
366-369
,共4页
林育涛%付永峰%程训佳%Hiroshi Tachibana
林育濤%付永峰%程訓佳%Hiroshi Tachibana
림육도%부영봉%정훈가%Hiroshi Tachibana
溶组织内阿米巴%14-3-3蛋白%生物信息学
溶組織內阿米巴%14-3-3蛋白%生物信息學
용조직내아미파%14-3-3단백%생물신식학
目的 比较具有不同致病性以及毒力的5株内阿米巴的14-3-3蛋白序列,并选取溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株进行相关生物信息学预测,用以指导进一步实验研究.方法 收集各虫株滋养体的基因组DNA,根据GenBank收录的溶组织内阿米巴编码基因序列设计特异引物,以基因组DNA为模板扩增目的 基因片段,测序后利用生物信息学网站的各种在线分析工具和Genetyx软件ver 13.0,对所得序列进行比较,构建分子进化树,并对溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株的14-3-3蛋白进行相关的生物信息学分析. 结果 5株内阿米巴属虫株均含有3个14-3-3基因,编码的氨基酸序列同源性较高,个别位点存在差异.取溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株14-3-3-1序列与其他物种的同源蛋白比较并构建分子进化树,与种系进化过程非常吻合.根据生物信息学分析结果预测,溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株14-3-3-1含720个碱基,编码239个氨基酸;14-3-3-2含717个碱基,编码238个氨基酸;14-3-3-3含723个碱基,编码240个氨基酸.3种异构体都带有2个14-3-3蛋白家族标记,含有多个潜在的磷酸化位点,但不含线粒体、过氧化物酶体等细胞器定位序列以及信号肽.该蛋白在大肠埃希菌中表达的半衰期＞10 h. 结论 内阿米巴属14-3-3基因高度保守.生物信息学分析结果提示14-3-3蛋白是研究物种进化的理想分子.
目的 比較具有不同緻病性以及毒力的5株內阿米巴的14-3-3蛋白序列,併選取溶組織內阿米巴HM1∶IMSS株進行相關生物信息學預測,用以指導進一步實驗研究.方法 收集各蟲株滋養體的基因組DNA,根據GenBank收錄的溶組織內阿米巴編碼基因序列設計特異引物,以基因組DNA為模闆擴增目的 基因片段,測序後利用生物信息學網站的各種在線分析工具和Genetyx軟件ver 13.0,對所得序列進行比較,構建分子進化樹,併對溶組織內阿米巴HM1∶IMSS株的14-3-3蛋白進行相關的生物信息學分析. 結果 5株內阿米巴屬蟲株均含有3箇14-3-3基因,編碼的氨基痠序列同源性較高,箇彆位點存在差異.取溶組織內阿米巴HM1∶IMSS株14-3-3-1序列與其他物種的同源蛋白比較併構建分子進化樹,與種繫進化過程非常吻閤.根據生物信息學分析結果預測,溶組織內阿米巴HM1∶IMSS株14-3-3-1含720箇堿基,編碼239箇氨基痠;14-3-3-2含717箇堿基,編碼238箇氨基痠;14-3-3-3含723箇堿基,編碼240箇氨基痠.3種異構體都帶有2箇14-3-3蛋白傢族標記,含有多箇潛在的燐痠化位點,但不含線粒體、過氧化物酶體等細胞器定位序列以及信號肽.該蛋白在大腸埃希菌中錶達的半衰期＞10 h. 結論 內阿米巴屬14-3-3基因高度保守.生物信息學分析結果提示14-3-3蛋白是研究物種進化的理想分子.
목적 비교구유불동치병성이급독력적5주내아미파적14-3-3단백서렬,병선취용조직내아미파HM1∶IMSS주진행상관생물신식학예측,용이지도진일보실험연구.방법 수집각충주자양체적기인조DNA,근거GenBank수록적용조직내아미파편마기인서렬설계특이인물,이기인조DNA위모판확증목적 기인편단,측서후이용생물신식학망참적각충재선분석공구화Genetyx연건ver 13.0,대소득서렬진행비교,구건분자진화수,병대용조직내아미파HM1∶IMSS주적14-3-3단백진행상관적생물신식학분석. 결과 5주내아미파속충주균함유3개14-3-3기인,편마적안기산서렬동원성교고,개별위점존재차이.취용조직내아미파HM1∶IMSS주14-3-3-1서렬여기타물충적동원단백비교병구건분자진화수,여충계진화과정비상문합.근거생물신식학분석결과예측,용조직내아미파HM1∶IMSS주14-3-3-1함720개감기,편마239개안기산;14-3-3-2함717개감기,편마238개안기산;14-3-3-3함723개감기,편마240개안기산.3충이구체도대유2개14-3-3단백가족표기,함유다개잠재적린산화위점,단불함선립체、과양화물매체등세포기정위서렬이급신호태.해단백재대장애희균중표체적반쇠기＞10 h. 결론 내아미파속14-3-3기인고도보수.생물신식학분석결과제시14-3-3단백시연구물충진화적이상분자.
