东北农业大学学报
東北農業大學學報
동북농업대학학보
JOURNAL OF NORTHEAST AGRICULTURAL UNIVERSITY
2011年
10期
52-57
,共6页
王丽娟%孙彩玉%毕永贤%秦智伟
王麗娟%孫綵玉%畢永賢%秦智偉
왕려연%손채옥%필영현%진지위
黄瓜%霜霉病%EST-SSR%重复基元
黃瓜%霜黴病%EST-SSR%重複基元
황과%상매병%EST-SSR%중복기원
对霜霉病菌诱导的黄瓜cDNA文库测序获得的3091条ESTs进行分析,经过除前处理和拼接后得到2 507条Unigenes.应用生物信息学方法,对黄瓜抗霜霉病相关EST-SSRs的分布频率和碱基重复特点进行了归纳及分析.结果表明,2 507条Unigenes中共检索到231个EST-SSR,出现频率为7.47％,平均分布距离为4.58 kb.EST-SSRs包括51种重复单元,以二核苷酸和三核苷酸重复基元为主,二者分别占总SSRs的59.74％和34.63％,在EST中的总出现频率分别为4.46％和2.59％,二核苷酸的重复基元以TC/AG为主,三核苷酸重复基元以TCT所占比例最高.研究结果为黄瓜EST资源开发和黄瓜抗霜霉病基因遗传标记奠定了基础.
對霜黴病菌誘導的黃瓜cDNA文庫測序穫得的3091條ESTs進行分析,經過除前處理和拼接後得到2 507條Unigenes.應用生物信息學方法,對黃瓜抗霜黴病相關EST-SSRs的分佈頻率和堿基重複特點進行瞭歸納及分析.結果錶明,2 507條Unigenes中共檢索到231箇EST-SSR,齣現頻率為7.47％,平均分佈距離為4.58 kb.EST-SSRs包括51種重複單元,以二覈苷痠和三覈苷痠重複基元為主,二者分彆佔總SSRs的59.74％和34.63％,在EST中的總齣現頻率分彆為4.46％和2.59％,二覈苷痠的重複基元以TC/AG為主,三覈苷痠重複基元以TCT所佔比例最高.研究結果為黃瓜EST資源開髮和黃瓜抗霜黴病基因遺傳標記奠定瞭基礎.
대상매병균유도적황과cDNA문고측서획득적3091조ESTs진행분석,경과제전처리화병접후득도2 507조Unigenes.응용생물신식학방법,대황과항상매병상관EST-SSRs적분포빈솔화감기중복특점진행료귀납급분석.결과표명,2 507조Unigenes중공검색도231개EST-SSR,출현빈솔위7.47％,평균분포거리위4.58 kb.EST-SSRs포괄51충중복단원,이이핵감산화삼핵감산중복기원위주,이자분별점총SSRs적59.74％화34.63％,재EST중적총출현빈솔분별위4.46％화2.59％,이핵감산적중복기원이TC/AG위주,삼핵감산중복기원이TCT소점비례최고.연구결과위황과EST자원개발화황과항상매병기인유전표기전정료기출.
