计算机应用研究
計算機應用研究
계산궤응용연구
APPLICATION RESEARCH OF COMPUTERS
2012年
5期
1772-1774,1794
,共4页
白明泽%赵文辉%豆育升%孙世新%温迪
白明澤%趙文輝%豆育升%孫世新%溫迪
백명택%조문휘%두육승%손세신%온적
分子动力学%混合并行编程模型%SMP集群%MPI%线程构建块
分子動力學%混閤併行編程模型%SMP集群%MPI%線程構建塊
분자동역학%혼합병행편정모형%SMP집군%MPI%선정구건괴
为了提高分子动力学模拟在对称多处理(SMP)集群上的计算速度,在分子动力学并行方法中引入MPI+TBB的混合并行编程模型.基于该模型,在分子动力学软件LAMMPS中设计并实现混合并行算法,在节点间采用MPI及空间分解技术实施进程级并行,节点内采用TBB及临界区技术实施线程级并行.在SMP集群中的测试表明,该方法在体系较大以及节点数较多时可以明显减少通信时间,使加速比在纯MPI模型上提高45％.结果表明,MPI+ TBB混合并行编程模型可促进分子动力学并行模拟且效率明显提升.
為瞭提高分子動力學模擬在對稱多處理(SMP)集群上的計算速度,在分子動力學併行方法中引入MPI+TBB的混閤併行編程模型.基于該模型,在分子動力學軟件LAMMPS中設計併實現混閤併行算法,在節點間採用MPI及空間分解技術實施進程級併行,節點內採用TBB及臨界區技術實施線程級併行.在SMP集群中的測試錶明,該方法在體繫較大以及節點數較多時可以明顯減少通信時間,使加速比在純MPI模型上提高45％.結果錶明,MPI+ TBB混閤併行編程模型可促進分子動力學併行模擬且效率明顯提升.
위료제고분자동역학모의재대칭다처리(SMP)집군상적계산속도,재분자동역학병행방법중인입MPI+TBB적혼합병행편정모형.기우해모형,재분자동역학연건LAMMPS중설계병실현혼합병행산법,재절점간채용MPI급공간분해기술실시진정급병행,절점내채용TBB급림계구기술실시선정급병행.재SMP집군중적측시표명,해방법재체계교대이급절점수교다시가이명현감소통신시간,사가속비재순MPI모형상제고45％.결과표명,MPI+ TBB혼합병행편정모형가촉진분자동역학병행모의차효솔명현제승.
