生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2005年
2期
49-52
,共4页
刘帅%郭政%李霞%屠康%徐建震
劉帥%郭政%李霞%屠康%徐建震
류수%곽정%리하%도강%서건진
基因芯片%基因表达%基因功能预测%Gene Ontology%支持向量机
基因芯片%基因錶達%基因功能預測%Gene Ontology%支持嚮量機
기인심편%기인표체%기인공능예측%Gene Ontology%지지향량궤
利用有限个实验条件下的基因表达谱数据,只能对与实验条件相关的基因功能类进行有效预测,所以有必要限定可预测的基因功能类范围.据此,首先基于Gene Ontology(GO)选择富集差异表达基因与实验条件相关的功能类.再通过支持向量机分类器,深化预测迄今只注释到实验条件相关功能类的父结点的基因是否属于该实验条件相关功能类.应用于一套酵母基因表达谱数据,结果显示,在剔除了高度不平衡的训练集合后,平均真阳性率(precision)与平均覆盖率(recall)都分别达到了71%与47%以上.
利用有限箇實驗條件下的基因錶達譜數據,隻能對與實驗條件相關的基因功能類進行有效預測,所以有必要限定可預測的基因功能類範圍.據此,首先基于Gene Ontology(GO)選擇富集差異錶達基因與實驗條件相關的功能類.再通過支持嚮量機分類器,深化預測迄今隻註釋到實驗條件相關功能類的父結點的基因是否屬于該實驗條件相關功能類.應用于一套酵母基因錶達譜數據,結果顯示,在剔除瞭高度不平衡的訓練集閤後,平均真暘性率(precision)與平均覆蓋率(recall)都分彆達到瞭71%與47%以上.
이용유한개실험조건하적기인표체보수거,지능대여실험조건상관적기인공능류진행유효예측,소이유필요한정가예측적기인공능류범위.거차,수선기우Gene Ontology(GO)선택부집차이표체기인여실험조건상관적공능류.재통과지지향량궤분류기,심화예측흘금지주석도실험조건상관공능류적부결점적기인시부속우해실험조건상관공능류.응용우일투효모기인표체보수거,결과현시,재척제료고도불평형적훈련집합후,평균진양성솔(precision)여평균복개솔(recall)도분별체도료71%여47%이상.
