生物物理学报
生物物理學報
생물물이학보
ACTA BIOPHYSICA SINICA
2007年
2期
134-138
,共5页
宋卓%张宁%阮吉寿%杨卓%张涛
宋卓%張寧%阮吉壽%楊卓%張濤
송탁%장저%원길수%양탁%장도
点突变%替换突变%蛋白质功能预测%信号处理
點突變%替換突變%蛋白質功能預測%信號處理
점돌변%체환돌변%단백질공능예측%신호처리
突变是研究蛋白质结构和功能的重要方法.点突变实验中,突变位点的选择随机性大,若能对突变后蛋白质功能是否发生变化做出预测,将大大减少实验的盲目性.为此,作者设计了一个基于信号处理的单点替换突变预测模型,对序列上每个位点所有可能的氨基酸替换的效果进行估计.使用蛋白质突变数据库(Protein Mutant Database,PMD)里的11个蛋白共2600多个点突变的数据集,对以上模型进行了验证.结果表明正确率高达81.2%,并且推荐出的替换选择位点仅占所有可能替换突变的3.1%.在体外定点突变实验中,使用本模型推荐的高可能性功能突变位点将有助于提高实验的成功率.该模型使用蛋白质的氨基酸序列信息,特别是对未知结构的蛋白质同样适用.然而,由于缺乏足够的突变实验数据,本模型的应用仍需进一步完善和验证.
突變是研究蛋白質結構和功能的重要方法.點突變實驗中,突變位點的選擇隨機性大,若能對突變後蛋白質功能是否髮生變化做齣預測,將大大減少實驗的盲目性.為此,作者設計瞭一箇基于信號處理的單點替換突變預測模型,對序列上每箇位點所有可能的氨基痠替換的效果進行估計.使用蛋白質突變數據庫(Protein Mutant Database,PMD)裏的11箇蛋白共2600多箇點突變的數據集,對以上模型進行瞭驗證.結果錶明正確率高達81.2%,併且推薦齣的替換選擇位點僅佔所有可能替換突變的3.1%.在體外定點突變實驗中,使用本模型推薦的高可能性功能突變位點將有助于提高實驗的成功率.該模型使用蛋白質的氨基痠序列信息,特彆是對未知結構的蛋白質同樣適用.然而,由于缺乏足夠的突變實驗數據,本模型的應用仍需進一步完善和驗證.
돌변시연구단백질결구화공능적중요방법.점돌변실험중,돌변위점적선택수궤성대,약능대돌변후단백질공능시부발생변화주출예측,장대대감소실험적맹목성.위차,작자설계료일개기우신호처리적단점체환돌변예측모형,대서렬상매개위점소유가능적안기산체환적효과진행고계.사용단백질돌변수거고(Protein Mutant Database,PMD)리적11개단백공2600다개점돌변적수거집,대이상모형진행료험증.결과표명정학솔고체81.2%,병차추천출적체환선택위점부점소유가능체환돌변적3.1%.재체외정점돌변실험중,사용본모형추천적고가능성공능돌변위점장유조우제고실험적성공솔.해모형사용단백질적안기산서렬신식,특별시대미지결구적단백질동양괄용.연이,유우결핍족구적돌변실험수거,본모형적응용잉수진일보완선화험증.