计算机工程
計算機工程
계산궤공정
COMPUTER ENGINEERING
2010年
22期
32-33,36
,共3页
基因分型%寡核苷酸芯片%探针选取问题%贪心算法%逐步算法
基因分型%寡覈苷痠芯片%探針選取問題%貪心算法%逐步算法
기인분형%과핵감산심편%탐침선취문제%탐심산법%축보산법
探针集的挑选是寡核苷酸芯片设计过程中最重要的部分.基于合成探针成本的考虑,探针的个数成为评价探针集优劣的一个最重要的指标.一个好的探针挑选算法应该挑选出尽可能少的探针.为此,对探针选取的贪心算法作了改进,提出一个类似于逐步向前回归算法的探针选取算法.该算法在每次向探针集加入边际效用最大的探针的同时,把边际效用没有或者很小的探针从探针集中剔除出去.对HLA 等位基因数据的实验结果表明,逐步选取算法得到的探针集优于贪心算法挑选出的探针集.
探針集的挑選是寡覈苷痠芯片設計過程中最重要的部分.基于閤成探針成本的攷慮,探針的箇數成為評價探針集優劣的一箇最重要的指標.一箇好的探針挑選算法應該挑選齣儘可能少的探針.為此,對探針選取的貪心算法作瞭改進,提齣一箇類似于逐步嚮前迴歸算法的探針選取算法.該算法在每次嚮探針集加入邊際效用最大的探針的同時,把邊際效用沒有或者很小的探針從探針集中剔除齣去.對HLA 等位基因數據的實驗結果錶明,逐步選取算法得到的探針集優于貪心算法挑選齣的探針集.
탐침집적도선시과핵감산심편설계과정중최중요적부분.기우합성탐침성본적고필,탐침적개수성위평개탐침집우렬적일개최중요적지표.일개호적탐침도선산법응해도선출진가능소적탐침.위차,대탐침선취적탐심산법작료개진,제출일개유사우축보향전회귀산법적탐침선취산법.해산법재매차향탐침집가입변제효용최대적탐침적동시,파변제효용몰유혹자흔소적탐침종탐침집중척제출거.대HLA 등위기인수거적실험결과표명,축보선취산법득도적탐침집우우탐심산법도선출적탐침집.
