生物化学与生物物理进展
生物化學與生物物理進展
생물화학여생물물리진전
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS
2008年
9期
1070-1076
,共7页
齐立省%苏计国%陈慰祖%王存新
齊立省%囌計國%陳慰祖%王存新
제립성%소계국%진위조%왕존신
蛋白质设计%相对熵%结构类型%氨基酸简化模型
蛋白質設計%相對熵%結構類型%氨基痠簡化模型
단백질설계%상대적%결구류형%안기산간화모형
详细考察了基于HNP(H:hydtophobic,N:neutral,P:hydrophilic)模型及相对熵的蛋白质设计方法对于不同结构类型蛋白质的适用性,并与基于HP模型的结果进行了比较.通过对190个4种不同结构类型的蛋白质进行预测,结果表明,基于HNP模型及相对熵的设计方法对于不同结构类型的蛋白质具有普适性.进一步的研究发现,对于α螺旋、β折叠等规则的二级结构,该方法的预测成功率高于无规卷曲结构预测成功率.另外,还比较了对不同氨基酸的预测差异,结果显示亲水残基的预测成功率较高.此外,研究表明该方法对于蛋白质保守残基的预测成功率高于非保守残基.在以上分析的基础上,进一步讨论了导致这些差异的原因.这些研究为基于相对熵的蛋白质设计方法的实际应用和进一步的发展打下了良好基础.
詳細攷察瞭基于HNP(H:hydtophobic,N:neutral,P:hydrophilic)模型及相對熵的蛋白質設計方法對于不同結構類型蛋白質的適用性,併與基于HP模型的結果進行瞭比較.通過對190箇4種不同結構類型的蛋白質進行預測,結果錶明,基于HNP模型及相對熵的設計方法對于不同結構類型的蛋白質具有普適性.進一步的研究髮現,對于α螺鏇、β摺疊等規則的二級結構,該方法的預測成功率高于無規捲麯結構預測成功率.另外,還比較瞭對不同氨基痠的預測差異,結果顯示親水殘基的預測成功率較高.此外,研究錶明該方法對于蛋白質保守殘基的預測成功率高于非保守殘基.在以上分析的基礎上,進一步討論瞭導緻這些差異的原因.這些研究為基于相對熵的蛋白質設計方法的實際應用和進一步的髮展打下瞭良好基礎.
상세고찰료기우HNP(H:hydtophobic,N:neutral,P:hydrophilic)모형급상대적적단백질설계방법대우불동결구류형단백질적괄용성,병여기우HP모형적결과진행료비교.통과대190개4충불동결구류형적단백질진행예측,결과표명,기우HNP모형급상대적적설계방법대우불동결구류형적단백질구유보괄성.진일보적연구발현,대우α라선、β절첩등규칙적이급결구,해방법적예측성공솔고우무규권곡결구예측성공솔.령외,환비교료대불동안기산적예측차이,결과현시친수잔기적예측성공솔교고.차외,연구표명해방법대우단백질보수잔기적예측성공솔고우비보수잔기.재이상분석적기출상,진일보토론료도치저사차이적원인.저사연구위기우상대적적단백질설계방법적실제응용화진일보적발전타하료량호기출.
