内蒙古大学学报（自然科学版）
內矇古大學學報（自然科學版）
내몽고대학학보（자연과학판）
ACTA SCIENTIARUM NATURALIUM UNIVERSITATIS NEIMONGOL
2008年
5期
536-542
,共7页
左永春%李前忠%杨磊%杨乌日吐
左永春%李前忠%楊磊%楊烏日吐
좌영춘%리전충%양뢰%양오일토
TATA启动子%位置关联性权重矩阵(PCWM)%保守性
TATA啟動子%位置關聯性權重矩陣(PCWM)%保守性
TATA계동자%위치관련성권중구진(PCWM)%보수성
启动子是基因转录调控机制中最重要的调控区域,启动子区域内转录元件的识别是揭示基因表达调控的重要基础.快速,可靠的启动子预测算法对于广范围内启动子元件的识别能够提供很大的帮助,目前的启动子识别算法及预测软件普遍存在假阳率高的缺点.因此改进识别算法的泛化能力显得尤为重要.本文利用从PlanPromDB数据库上下载的启动子数据,在深入分析启动子GC-Skew偏好、特异性位点保守性及TSS-TIS距离分布的基础上,通过改进原有位置权重矩阵(PWM)模型,构建出能够同时考虑位点保守性和关联性的位置关联性权重矩阵(PCWM)扫描模型,在此基础上利用标准化打分函数对植物TATA启动子进行预测,获得了较好的结果.
啟動子是基因轉錄調控機製中最重要的調控區域,啟動子區域內轉錄元件的識彆是揭示基因錶達調控的重要基礎.快速,可靠的啟動子預測算法對于廣範圍內啟動子元件的識彆能夠提供很大的幫助,目前的啟動子識彆算法及預測軟件普遍存在假暘率高的缺點.因此改進識彆算法的汎化能力顯得尤為重要.本文利用從PlanPromDB數據庫上下載的啟動子數據,在深入分析啟動子GC-Skew偏好、特異性位點保守性及TSS-TIS距離分佈的基礎上,通過改進原有位置權重矩陣(PWM)模型,構建齣能夠同時攷慮位點保守性和關聯性的位置關聯性權重矩陣(PCWM)掃描模型,在此基礎上利用標準化打分函數對植物TATA啟動子進行預測,穫得瞭較好的結果.
계동자시기인전록조공궤제중최중요적조공구역,계동자구역내전록원건적식별시게시기인표체조공적중요기출.쾌속,가고적계동자예측산법대우엄범위내계동자원건적식별능구제공흔대적방조,목전적계동자식별산법급예측연건보편존재가양솔고적결점.인차개진식별산법적범화능력현득우위중요.본문이용종PlanPromDB수거고상하재적계동자수거,재심입분석계동자GC-Skew편호、특이성위점보수성급TSS-TIS거리분포적기출상,통과개진원유위치권중구진(PWM)모형,구건출능구동시고필위점보수성화관련성적위치관련성권중구진(PCWM)소묘모형,재차기출상이용표준화타분함수대식물TATA계동자진행예측,획득료교호적결과.
