CAJ | 학술논문

鼻疽伯克霍尔德氏菌(Burkholderia malei ATCC 23344)的基因组密码子使用受多种因素的影响,本研究根据该菌的完整基因组序列,运用多元统计分析和对应分析的方法,探讨了鼻疽伯克霍尔德氏菌全基因组序列密码子的使用模式和影响密码子使用的因素.结果表明基因表达水平的高低是影响密码子使用的主要因素;基因组中编码区的碱基组成、蛋白质的疏水性和基因的长度对密码子的使用也有一定的影响,但影响力不及基因的表达水平.同时,通过比较高表达的基因、低表达的基因密码子使用情况,GCG和CUC等21个密码子被确定为鼻疽伯克霍尔德氏菌的主要偏爱密码子.以上结果对鼻疽伯克霍尔德氏菌的密码子用法研究、在分子水平上研究物种进化、基因组中未知基因的预测、开放阅读框的判断、功能基因的表达以及鼻疽病疫苗的研发等工作都提供了理论基础,具有较强的指导作用.
비저백극곽이덕씨균(Burkholderia malei ATCC 23344)적기인조밀마자사용수다충인소적영향,본연구근거해균적완정기인조서렬,운용다원통계분석화대응분석적방법,탐토료비저백극곽이덕씨균전기인조서렬밀마자적사용모식화영향밀마자사용적인소.결과표명기인표체수평적고저시영향밀마자사용적주요인소;기인조중편마구적감기조성、단백질적소수성화기인적장도대밀마자적사용야유일정적영향,단영향력불급기인적표체수평.동시,통과비교고표체적기인、저표체적기인밀마자사용정황,GCG화CUC등21개밀마자피학정위비저백극곽이덕씨균적주요편애밀마자.이상결과대비저백극곽이덕씨균적밀마자용법연구、재분자수평상연구물충진화、기인조중미지기인적예측、개방열독광적판단、공능기인적표체이급비저병역묘적연발등공작도제공료이론기출,구유교강적지도작용.
Burkholderia mallei is regarded as a potential biological weapon by the Centers for Disease Control and Prevention.In this study,the main factors shaping codon usage in the genome of B.mallei ATCC 23344 were firstly reported.The results showed that the primary trend in codon usage variation in the B.mallei is due to translational selection;while compositional mutation bias is relatively the weaker influence and the hydrophobicity of each protein and gene length are only the minor influences.At the same development of a vaccine to prevent glanders.