热带作物学报
熱帶作物學報
열대작물학보
CHINESE JOURNAL OF TROPICAL CROPS
2010年
9期
1497-1501
,共5页
闫学兵%阙友雄%许莉萍%郭晋隆%陈如凯%潘永保
閆學兵%闕友雄%許莉萍%郭晉隆%陳如凱%潘永保
염학병%궐우웅%허리평%곽진륭%진여개%반영보
甘蔗%表达序列标签%简单重复序列%特性
甘蔗%錶達序列標籤%簡單重複序列%特性
감자%표체서렬표첨%간단중복서렬%특성
从NCBI公共数据库获得262 113条甘蔗EST,通过前处理和聚类拼接得到全长为50 058.89 kb的无冗余Unigene 62 565条.在这些序列中搜索出9482个SSRs,出现频率是15.15%;平均5.28 kb出现1个SSR.三核苷酸重复是主要的类型,占总SSRs的45.92%.CT和CGC是二、三核苷酸中的优势重复类型.分别占二、三核苷酸重复的21.22%和8.18%.此外还对筛选出的SSR进行多态性预测,得到了长度在20 bp 以上的低级基元一、二、三核苷酸EST-SSR共1 405条,占长度20 bp以上的SSR总数的59.16%.结果为甘蔗EST-SSR标记的开发和相关分子生物学研究提供资料和奠定基础.
從NCBI公共數據庫穫得262 113條甘蔗EST,通過前處理和聚類拼接得到全長為50 058.89 kb的無冗餘Unigene 62 565條.在這些序列中搜索齣9482箇SSRs,齣現頻率是15.15%;平均5.28 kb齣現1箇SSR.三覈苷痠重複是主要的類型,佔總SSRs的45.92%.CT和CGC是二、三覈苷痠中的優勢重複類型.分彆佔二、三覈苷痠重複的21.22%和8.18%.此外還對篩選齣的SSR進行多態性預測,得到瞭長度在20 bp 以上的低級基元一、二、三覈苷痠EST-SSR共1 405條,佔長度20 bp以上的SSR總數的59.16%.結果為甘蔗EST-SSR標記的開髮和相關分子生物學研究提供資料和奠定基礎.
종NCBI공공수거고획득262 113조감자EST,통과전처리화취류병접득도전장위50 058.89 kb적무용여Unigene 62 565조.재저사서렬중수색출9482개SSRs,출현빈솔시15.15%;평균5.28 kb출현1개SSR.삼핵감산중복시주요적류형,점총SSRs적45.92%.CT화CGC시이、삼핵감산중적우세중복류형.분별점이、삼핵감산중복적21.22%화8.18%.차외환대사선출적SSR진행다태성예측,득도료장도재20 bp 이상적저급기원일、이、삼핵감산EST-SSR공1 405조,점장도20 bp이상적SSR총수적59.16%.결과위감자EST-SSR표기적개발화상관분자생물학연구제공자료화전정기출.
