南方医科大学学报
南方醫科大學學報
남방의과대학학보
JOURNAL OF SOUTHERN MEDICAL UNIVERSITY
2010年
8期
1771-1774
,共4页
石嵘%赵镇%高洋%吴清华%宋艳斌%姜立%郑文岭%马文丽
石嶸%趙鎮%高洋%吳清華%宋豔斌%薑立%鄭文嶺%馬文麗
석영%조진%고양%오청화%송염빈%강립%정문령%마문려
膀胱癌%互作网络%中心节点%实时定量逆转录PCR
膀胱癌%互作網絡%中心節點%實時定量逆轉錄PCR
방광암%호작망락%중심절점%실시정량역전록PCR
目的 采用蛋白互作网络分析研究表达谱基因芯片数据,构建浸润性膀胱癌基因互作网络图并对筛选出的网络中心节点进行实验验证.方法 将表达谱芯片筛选到的浸润性膀胱癌152个共同差异表达基因,导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基因瓦作网络图,并将瓦作网络数据导出到Cytoscape 2.6.2软件中,筛选出网络中心节点.采用KEGG数据库等进行信号通路分类及基因功能研究,进而采用实时定量RT-PCR对其基因表达进行验证,筛选出基因表达在膀胱癌组与正常膀胱粘膜组差异最大的基因,并对浸润性膀胱癌发生的分子机制进行初步探讨.结果 共有103个膀胱癌共同差异表达基因编码的蛋白经STRING筛选存在相互作用.并构成一个复杂的互作网络图;Cytoscape共筛选出26个网络中心节点,广泛参与肿瘤发生的多条信号通路;实时定量RT-PCR结果表明UBE2C、VEGF、TGFBR2、CAV1四个基因表达量在膀胱癌组与正常膀胱粘膜组的差异最大,分别为9.45、4.17、0.13、0.18倍(以GAPHD作为内参,计算2-△△α),与芯片检测结果的趋势一致.结论 本研究构建出的浸润性膀胱癌差异基因互作网络图,尤其是其中的网络中心节点基因,对于浸润性膀胱癌发生分子机制的研究、早期诊断及分子靶向治疗研究具有较好的提示作用.
目的 採用蛋白互作網絡分析研究錶達譜基因芯片數據,構建浸潤性膀胱癌基因互作網絡圖併對篩選齣的網絡中心節點進行實驗驗證.方法 將錶達譜芯片篩選到的浸潤性膀胱癌152箇共同差異錶達基因,導入STRING在線數據庫進行分析,繪製差異基因瓦作網絡圖,併將瓦作網絡數據導齣到Cytoscape 2.6.2軟件中,篩選齣網絡中心節點.採用KEGG數據庫等進行信號通路分類及基因功能研究,進而採用實時定量RT-PCR對其基因錶達進行驗證,篩選齣基因錶達在膀胱癌組與正常膀胱粘膜組差異最大的基因,併對浸潤性膀胱癌髮生的分子機製進行初步探討.結果 共有103箇膀胱癌共同差異錶達基因編碼的蛋白經STRING篩選存在相互作用.併構成一箇複雜的互作網絡圖;Cytoscape共篩選齣26箇網絡中心節點,廣汎參與腫瘤髮生的多條信號通路;實時定量RT-PCR結果錶明UBE2C、VEGF、TGFBR2、CAV1四箇基因錶達量在膀胱癌組與正常膀胱粘膜組的差異最大,分彆為9.45、4.17、0.13、0.18倍(以GAPHD作為內參,計算2-△△α),與芯片檢測結果的趨勢一緻.結論 本研究構建齣的浸潤性膀胱癌差異基因互作網絡圖,尤其是其中的網絡中心節點基因,對于浸潤性膀胱癌髮生分子機製的研究、早期診斷及分子靶嚮治療研究具有較好的提示作用.
목적 채용단백호작망락분석연구표체보기인심편수거,구건침윤성방광암기인호작망락도병대사선출적망락중심절점진행실험험증.방법 장표체보심편사선도적침윤성방광암152개공동차이표체기인,도입STRING재선수거고진행분석,회제차이기인와작망락도,병장와작망락수거도출도Cytoscape 2.6.2연건중,사선출망락중심절점.채용KEGG수거고등진행신호통로분류급기인공능연구,진이채용실시정량RT-PCR대기기인표체진행험증,사선출기인표체재방광암조여정상방광점막조차이최대적기인,병대침윤성방광암발생적분자궤제진행초보탐토.결과 공유103개방광암공동차이표체기인편마적단백경STRING사선존재상호작용.병구성일개복잡적호작망락도;Cytoscape공사선출26개망락중심절점,엄범삼여종류발생적다조신호통로;실시정량RT-PCR결과표명UBE2C、VEGF、TGFBR2、CAV1사개기인표체량재방광암조여정상방광점막조적차이최대,분별위9.45、4.17、0.13、0.18배(이GAPHD작위내삼,계산2-△△α),여심편검측결과적추세일치.결론 본연구구건출적침윤성방광암차이기인호작망락도,우기시기중적망락중심절점기인,대우침윤성방광암발생분자궤제적연구、조기진단급분자파향치료연구구유교호적제시작용.
