中国医药生物技术
中國醫藥生物技術
중국의약생물기술
CHINESE MEDICINAL BIOTECHNOLOGY
2011年
5期
341-346
,共6页
钟连声%齐华文%潘忠诚%马汝海%何群%姜雪%赵雨杰
鐘連聲%齊華文%潘忠誠%馬汝海%何群%薑雪%趙雨傑
종련성%제화문%반충성%마여해%하군%강설%조우걸
生物传感技术%寡核苷酸序列分析%核酸杂交
生物傳感技術%寡覈苷痠序列分析%覈痠雜交
생물전감기술%과핵감산서렬분석%핵산잡교
目的 探讨探针和靶分子二级结构对基因芯片杂交过程的影响,并完善基因芯片设计方法,提高基因芯片的重复性和特异性.方法 应用二级结构分析软件Mfold设计3对25-mer完全互补的具有不同二级结构的探针和靶分子(P0T0、P3T3、P4T4)及1对尾端有2个碱基错配的探针和靶分子(P4T3).制备醛基化传感器芯片,将终浓度为1、2、5、10、20 μmol/L的探针分别固定在芯片上,与浓度为5μmol/L的N,N'-对羧苄基吲哚三菁(Cy5)标记靶分子杂交,荧光图像扫描仪检测确定最佳杂交探针浓度;以最佳探针浓度构建芯片,分别与终浓度为0.1、0.2、0.5、1.0、2.0、5.0 μmol/L的Cy5标记靶分子杂交,荧光图像扫描仪检测确定最佳杂交靶分子浓度;同时用光波导模式光谱生物传感器(OWLS)实时监测其杂交过程.以0.4% SDS和0.1% NaOH分别处理杂交后芯片10、20、30、60 min,荧光图像扫描仪检测芯片再生稳定性.控制靶分子进样速度和杂交时间分别为15 μl/h、7h和180μl/h、0.5h,OWLS测定杂交复合物质量、杂交效率和反应速率.结果 荧光图像扫描结果显示,最佳杂交探针和靶分子浓度分别为10、1 μmol/L,传感器芯片构建成功且具有再生稳定性.15 μl/h、7h和180 μl/h、0.5 h条件下,PoTo、P3T3、P4T4、P4T3杂交复合物的质量(ng/cm2)分别为45和30、43和20、40和13、42和18;杂交效率(%)分别为40.9和27.3、39.1和18.2、36.4和11.8、38.2和16.4;杂交7h时的反应速率常数[K,105 L/(mol·s)]值分别为0.465、0.247、0.081、0.247.结论 在一定时间内,探针和靶分子二级结构增多可导致杂交时间延长,杂交速率和效率降低.应用OWLS成功建立了一种研究固—液界面DNA杂交过程的新平台,为研究基因芯片的杂交过程提供了一个新方法.
目的 探討探針和靶分子二級結構對基因芯片雜交過程的影響,併完善基因芯片設計方法,提高基因芯片的重複性和特異性.方法 應用二級結構分析軟件Mfold設計3對25-mer完全互補的具有不同二級結構的探針和靶分子(P0T0、P3T3、P4T4)及1對尾耑有2箇堿基錯配的探針和靶分子(P4T3).製備醛基化傳感器芯片,將終濃度為1、2、5、10、20 μmol/L的探針分彆固定在芯片上,與濃度為5μmol/L的N,N'-對羧芐基吲哚三菁(Cy5)標記靶分子雜交,熒光圖像掃描儀檢測確定最佳雜交探針濃度;以最佳探針濃度構建芯片,分彆與終濃度為0.1、0.2、0.5、1.0、2.0、5.0 μmol/L的Cy5標記靶分子雜交,熒光圖像掃描儀檢測確定最佳雜交靶分子濃度;同時用光波導模式光譜生物傳感器(OWLS)實時鑑測其雜交過程.以0.4% SDS和0.1% NaOH分彆處理雜交後芯片10、20、30、60 min,熒光圖像掃描儀檢測芯片再生穩定性.控製靶分子進樣速度和雜交時間分彆為15 μl/h、7h和180μl/h、0.5h,OWLS測定雜交複閤物質量、雜交效率和反應速率.結果 熒光圖像掃描結果顯示,最佳雜交探針和靶分子濃度分彆為10、1 μmol/L,傳感器芯片構建成功且具有再生穩定性.15 μl/h、7h和180 μl/h、0.5 h條件下,PoTo、P3T3、P4T4、P4T3雜交複閤物的質量(ng/cm2)分彆為45和30、43和20、40和13、42和18;雜交效率(%)分彆為40.9和27.3、39.1和18.2、36.4和11.8、38.2和16.4;雜交7h時的反應速率常數[K,105 L/(mol·s)]值分彆為0.465、0.247、0.081、0.247.結論 在一定時間內,探針和靶分子二級結構增多可導緻雜交時間延長,雜交速率和效率降低.應用OWLS成功建立瞭一種研究固—液界麵DNA雜交過程的新平檯,為研究基因芯片的雜交過程提供瞭一箇新方法.
목적 탐토탐침화파분자이급결구대기인심편잡교과정적영향,병완선기인심편설계방법,제고기인심편적중복성화특이성.방법 응용이급결구분석연건Mfold설계3대25-mer완전호보적구유불동이급결구적탐침화파분자(P0T0、P3T3、P4T4)급1대미단유2개감기착배적탐침화파분자(P4T3).제비철기화전감기심편,장종농도위1、2、5、10、20 μmol/L적탐침분별고정재심편상,여농도위5μmol/L적N,N'-대최변기신타삼정(Cy5)표기파분자잡교,형광도상소묘의검측학정최가잡교탐침농도;이최가탐침농도구건심편,분별여종농도위0.1、0.2、0.5、1.0、2.0、5.0 μmol/L적Cy5표기파분자잡교,형광도상소묘의검측학정최가잡교파분자농도;동시용광파도모식광보생물전감기(OWLS)실시감측기잡교과정.이0.4% SDS화0.1% NaOH분별처리잡교후심편10、20、30、60 min,형광도상소묘의검측심편재생은정성.공제파분자진양속도화잡교시간분별위15 μl/h、7h화180μl/h、0.5h,OWLS측정잡교복합물질량、잡교효솔화반응속솔.결과 형광도상소묘결과현시,최가잡교탐침화파분자농도분별위10、1 μmol/L,전감기심편구건성공차구유재생은정성.15 μl/h、7h화180 μl/h、0.5 h조건하,PoTo、P3T3、P4T4、P4T3잡교복합물적질량(ng/cm2)분별위45화30、43화20、40화13、42화18;잡교효솔(%)분별위40.9화27.3、39.1화18.2、36.4화11.8、38.2화16.4;잡교7h시적반응속솔상수[K,105 L/(mol·s)]치분별위0.465、0.247、0.081、0.247.결론 재일정시간내,탐침화파분자이급결구증다가도치잡교시간연장,잡교속솔화효솔강저.응용OWLS성공건립료일충연구고—액계면DNA잡교과정적신평태,위연구기인심편적잡교과정제공료일개신방법.
