浙江医学
浙江醫學
절강의학
ZHEJIANG MEDICAL JOURNAL
2011年
12期
1790-1792
,共3页
陆红云%王善振%齐云玲%李佩珍%应俊%周铁丽%王慧丽%包其郁%李劲松
陸紅雲%王善振%齊雲玲%李珮珍%應俊%週鐵麗%王慧麗%包其鬱%李勁鬆
륙홍운%왕선진%제운령%리패진%응준%주철려%왕혜려%포기욱%리경송
大肠埃希菌%质粒%氨基糖苷类抗生素%单核苷酸多态性
大腸埃希菌%質粒%氨基糖苷類抗生素%單覈苷痠多態性
대장애희균%질립%안기당감류항생소%단핵감산다태성
目的 通过大规模测序研究临床分离的大肠埃希菌的质粒基因组所携带的氨基糖苷类耐药基因分布及其多态性.方法 收集4年临床分离非重复的320株大肠埃希菌.菌株分为两个部分,碱裂解法提取全部质粒,Solexa测序获得大规模的短序列.采用比较基因组学和分子进化方法分析两个样本所含的氨基糖苷类耐药基因类型及丰度的差异,研究氨基糖苷类耐药基因存在的核苷酸多态位点.结果 测序法获得两批数据,E1短序列总数为11 077 768,可以定位到参照序列上为71 528(0.646%).E2短序列总数为9 377 792,可以定位到参照序列上是49 944(0.532%).两个样本中共有9个氨基糖苷类耐药基因型,strB基因最多,其次是strA、aacC2.两个样本中9个氨基糖苷类耐药基因共发现67个单核苷酸多态性(SNPs)位点,约50%为非同义突变.同一个位点的A、G二核苷酸多态现象常见.结论 此次样本中大肠埃希菌质粒上分布多种氨基糖苷类耐药基因.存在着大量的SNPs.
目的 通過大規模測序研究臨床分離的大腸埃希菌的質粒基因組所攜帶的氨基糖苷類耐藥基因分佈及其多態性.方法 收集4年臨床分離非重複的320株大腸埃希菌.菌株分為兩箇部分,堿裂解法提取全部質粒,Solexa測序穫得大規模的短序列.採用比較基因組學和分子進化方法分析兩箇樣本所含的氨基糖苷類耐藥基因類型及豐度的差異,研究氨基糖苷類耐藥基因存在的覈苷痠多態位點.結果 測序法穫得兩批數據,E1短序列總數為11 077 768,可以定位到參照序列上為71 528(0.646%).E2短序列總數為9 377 792,可以定位到參照序列上是49 944(0.532%).兩箇樣本中共有9箇氨基糖苷類耐藥基因型,strB基因最多,其次是strA、aacC2.兩箇樣本中9箇氨基糖苷類耐藥基因共髮現67箇單覈苷痠多態性(SNPs)位點,約50%為非同義突變.同一箇位點的A、G二覈苷痠多態現象常見.結論 此次樣本中大腸埃希菌質粒上分佈多種氨基糖苷類耐藥基因.存在著大量的SNPs.
목적 통과대규모측서연구림상분리적대장애희균적질립기인조소휴대적안기당감류내약기인분포급기다태성.방법 수집4년림상분리비중복적320주대장애희균.균주분위량개부분,감렬해법제취전부질립,Solexa측서획득대규모적단서렬.채용비교기인조학화분자진화방법분석량개양본소함적안기당감류내약기인류형급봉도적차이,연구안기당감류내약기인존재적핵감산다태위점.결과 측서법획득량비수거,E1단서렬총수위11 077 768,가이정위도삼조서렬상위71 528(0.646%).E2단서렬총수위9 377 792,가이정위도삼조서렬상시49 944(0.532%).량개양본중공유9개안기당감류내약기인형,strB기인최다,기차시strA、aacC2.량개양본중9개안기당감류내약기인공발현67개단핵감산다태성(SNPs)위점,약50%위비동의돌변.동일개위점적A、G이핵감산다태현상상견.결론 차차양본중대장애희균질립상분포다충안기당감류내약기인.존재착대량적SNPs.
