中华结核和呼吸杂志
中華結覈和呼吸雜誌
중화결핵화호흡잡지
Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases
2012年
8期
592-595
,共4页
高诗会%胡忠义%赵英伟%秦莲花
高詩會%鬍忠義%趙英偉%秦蓮花
고시회%호충의%조영위%진연화
分枝杆菌属%简单序列重复区间分型%变异(遗传学)
分枝桿菌屬%簡單序列重複區間分型%變異(遺傳學)
분지간균속%간단서렬중복구간분형%변이(유전학)
Mycobacterium%Inter-simple sequences repeat analysis%Variation (Genetics)
目的 分析微卫星5联简单重复序列在分枝杆菌基因组中的分布情况,并评价其简单序列重复区间(ISSR)分型能力,为分枝杆菌的基因分型及流行病学研究提供新的研究工具.方法 实验菌株为17株分枝杆菌菌株和41株MTB临床分离株,17株分枝杆菌菌株包括分枝杆菌标准株15株、MTB临床菌株1株和MTB无毒株(H37Ra)1株.利用MICdb2.0软件分析微卫星数据库收录的分枝杆菌基因组中5联简单重复序列(CAGCG)n的分布特征,并以该序列为基础设计ISSR引物(5'-CAGCGCAGCGCAGCG-3'),用于分枝杆菌种间和种内菌株的基因分型分析.结果 生物信息学分析显示(CAGCG)n在数据库收录的大部分分枝杆菌基因组中均有较高含量,其中在H37Rv、CDC1551、牛分枝杆菌和鸟分枝杆菌基因组中出现的次数分别为40、39、39和33次,且主要分布在编码序列区(分别为39、36、38和30次).ISSR引物对分枝杆菌菌种的基因分型分析显示,15种常见菌种聚为2大簇,第1簇含有2个亚型,第2簇含有4个亚型,种间表现出高度的遗传多样性；ISSR引物对MTB临床菌株的分析结果显示,41株菌株聚为2簇,各簇分别有2个亚型,提示该引物对种内菌株也表现出良好的分辨力.结论 以(CAGCG)n建立的ISSR分型体系,可用于分枝杆菌种间和种内菌株的遗传多样性分析.
目的 分析微衛星5聯簡單重複序列在分枝桿菌基因組中的分佈情況,併評價其簡單序列重複區間(ISSR)分型能力,為分枝桿菌的基因分型及流行病學研究提供新的研究工具.方法 實驗菌株為17株分枝桿菌菌株和41株MTB臨床分離株,17株分枝桿菌菌株包括分枝桿菌標準株15株、MTB臨床菌株1株和MTB無毒株(H37Ra)1株.利用MICdb2.0軟件分析微衛星數據庫收錄的分枝桿菌基因組中5聯簡單重複序列(CAGCG)n的分佈特徵,併以該序列為基礎設計ISSR引物(5'-CAGCGCAGCGCAGCG-3'),用于分枝桿菌種間和種內菌株的基因分型分析.結果 生物信息學分析顯示(CAGCG)n在數據庫收錄的大部分分枝桿菌基因組中均有較高含量,其中在H37Rv、CDC1551、牛分枝桿菌和鳥分枝桿菌基因組中齣現的次數分彆為40、39、39和33次,且主要分佈在編碼序列區(分彆為39、36、38和30次).ISSR引物對分枝桿菌菌種的基因分型分析顯示,15種常見菌種聚為2大簇,第1簇含有2箇亞型,第2簇含有4箇亞型,種間錶現齣高度的遺傳多樣性；ISSR引物對MTB臨床菌株的分析結果顯示,41株菌株聚為2簇,各簇分彆有2箇亞型,提示該引物對種內菌株也錶現齣良好的分辨力.結論 以(CAGCG)n建立的ISSR分型體繫,可用于分枝桿菌種間和種內菌株的遺傳多樣性分析.
목적 분석미위성5련간단중복서렬재분지간균기인조중적분포정황,병평개기간단서렬중복구간(ISSR)분형능력,위분지간균적기인분형급류행병학연구제공신적연구공구.방법 실험균주위17주분지간균균주화41주MTB림상분리주,17주분지간균균주포괄분지간균표준주15주、MTB림상균주1주화MTB무독주(H37Ra)1주.이용MICdb2.0연건분석미위성수거고수록적분지간균기인조중5련간단중복서렬(CAGCG)n적분포특정,병이해서렬위기출설계ISSR인물(5'-CAGCGCAGCGCAGCG-3'),용우분지간균충간화충내균주적기인분형분석.결과 생물신식학분석현시(CAGCG)n재수거고수록적대부분분지간균기인조중균유교고함량,기중재H37Rv、CDC1551、우분지간균화조분지간균기인조중출현적차수분별위40、39、39화33차,차주요분포재편마서렬구(분별위39、36、38화30차).ISSR인물대분지간균균충적기인분형분석현시,15충상견균충취위2대족,제1족함유2개아형,제2족함유4개아형,충간표현출고도적유전다양성；ISSR인물대MTB림상균주적분석결과현시,41주균주취위2족,각족분별유2개아형,제시해인물대충내균주야표현출량호적분변력.결론 이(CAGCG)n건립적ISSR분형체계,가용우분지간균충간화충내균주적유전다양성분석.
Objective To establish inter-simple sequences repeat (ISSR) molecular makers based on (CAGCG)n repeat sequence in mycobacteria. Methods The distribution of pentanucleotide repeat sequence (CAGCG) n in mycobacterial genomes was analyzed by MICdb 2.0 software in the microsatellite database.ISSR primer MISP6 based on (CAGCG) n sequences was designed and tested in mycobacterial strains,which included 17 mycobacterial strains and 41 Mycobacterium tuberculosis clinical strains.Results The abundances of pentanucleotide repeat sequences (CAGCG) n were high in most of the mycobacterial genomes and they were mainly located in the coding regions. The results of ISSR analysis in mycobacteria showed that 15 reference strains from mycobacteria were clustered into 2 major clusters. The first cluster contained 2 subtypes and the second cluster contained 4 subtypes. Forty-one clinical strains from Mycobacterium tuberculosis were divided into 2 major clusters by the analysis of MISP6 primer,and each cluster had 2 subtypes.Conclusion ISSR primer MISP6 based on (CAGCG) n sequences can be used as a genetic marker to genotype mycobacterial strains.
