计算机应用
計算機應用
계산궤응용
COMPUTER APPLICATION
2011年
3期
843-847
,共5页
分子动力学%图形处理器%多核中央处理器%AMBER力场%计算统一设备架构%OpenMP
分子動力學%圖形處理器%多覈中央處理器%AMBER力場%計算統一設備架構%OpenMP
분자동역학%도형처리기%다핵중앙처리기%AMBER력장%계산통일설비가구%OpenMP
在多核中央处理器(CPU)-图形处理器(GPU)异构并行体系结构上,采用OpenMP和计算统一设备架构(CUDA)编程实现了基于AMBER力场的蛋白质分子动力学模拟程序.通过合理地将程序划分为CPU单线程、CPU多线程和GPU多线程执行部分,高效地利用了计算机的处理能力.性能测试结果表明,相对于优化后的CPU串行计算,多核CPU-GPU异构并行计算模型有强大的性能优势,特别是将占整个程序执行时间90%的作用力的计算移植到GPU上执行,获得了最高可达12倍的计算加速比.
在多覈中央處理器(CPU)-圖形處理器(GPU)異構併行體繫結構上,採用OpenMP和計算統一設備架構(CUDA)編程實現瞭基于AMBER力場的蛋白質分子動力學模擬程序.通過閤理地將程序劃分為CPU單線程、CPU多線程和GPU多線程執行部分,高效地利用瞭計算機的處理能力.性能測試結果錶明,相對于優化後的CPU串行計算,多覈CPU-GPU異構併行計算模型有彊大的性能優勢,特彆是將佔整箇程序執行時間90%的作用力的計算移植到GPU上執行,穫得瞭最高可達12倍的計算加速比.
재다핵중앙처리기(CPU)-도형처리기(GPU)이구병행체계결구상,채용OpenMP화계산통일설비가구(CUDA)편정실현료기우AMBER력장적단백질분자동역학모의정서.통과합리지장정서화분위CPU단선정、CPU다선정화GPU다선정집행부분,고효지이용료계산궤적처리능력.성능측시결과표명,상대우우화후적CPU천행계산,다핵CPU-GPU이구병행계산모형유강대적성능우세,특별시장점정개정서집행시간90%적작용력적계산이식도GPU상집행,획득료최고가체12배적계산가속비.
